汉九年，刘邦又调任叔孙通为太子太傅。汉12年，刘邦想让赵王刘如意取代刘盈当太子，叔孙通极力劝阻说：“过去晋献公因宠爱骊姬废了太子，改立骊姬的儿子奚齐，造成晋国几十年动乱，成为天下人的笑柄。秦始皇由于没有及早确定扶苏为太子，结果让赵高钻了空子，伪造遗嘱立了胡亥，弄得秦朝后继无人，这是陛下亲眼看到的。如今的太子仁慈孝顺，天下人都知道。太子的母亲吕后与陛下同甘共苦几十年，难道您忍心背弃她？如果陛下一定要废弃太子而改立小儿子，那我请求死在您的面前。”
刘邦赶紧说：“先生别当真，我只是开个玩笑罢了。”叔孙通说：“太子是天下的根本，根本一动摇，天下就会震动，怎么可以拿天下大事来开玩笑呢？”刘邦没办法，只好认错说：“好吧，我听您的意见。”虽然刘邦真正打消更换太子的念头，是见到张良召来的商山四皓跟随着太子，但从这件事可以看出叔孙通并非一味的啊臾奉承，而是很有原则，甚至会以死谏诤，也有刚烈的一面。
刘邦驾崩，惠帝即位。惠帝对叔孙通说：“先帝的陵寝宗庙礼仪，大臣们还不太熟悉，还要靠您的训导。”因此重新任用他为太常，制定宗庙的礼仪制度。后来，又逐步制定汉朝各种礼仪制度的细节。所以汉初的礼仪，均由叔孙通制定。
惠帝因为要到长乐宫朝见母亲吕后，经常来往于两宫，每次出宫都要清道，骚扰百姓。于是修建了一座空中复道，修建在未央宫武库的南边。叔孙通前来奏事，事情谈完后，与惠帝闲聊。叔孙通说：“陛下在前往高祖陵寝的路上修建复道，高祖的衣冠，每个月都要拿出来，巡游至高庙。作为高祖子孙，怎么能把复道凌空架设在前往宗庙的路上呢？”听了这番话，惠帝很害怕，说：“那就把复道拆了吧。”叔孙通说：“皇帝不能有过错，现在已经建了，百姓也已经知道。希望陛下借此机会，将高祖的原庙改建到渭河北岸，这样高祖的衣冠每个月再拿出来巡游，就没有问题了。把宗庙修得大一点，这也是大孝的表现。”于是惠帝下诏，重新修建原庙。汉朝日后屡屡修建“原庙”的章程，就是从惠帝修复道这件事引起的。
惠帝喜欢离开宫廷，到离宫游玩。叔孙通说：“春天是该品尝鲜果的时候，现在樱桃正好成熟，希望陛下出游时，能顺便带樱桃去敬献宗庙。”惠帝觉得这个想法很好，便答应了他。从此以后，用各类鲜果敬献宗庙的礼仪就开始了，一直流传到现在。
这就是叔孙通，当外界不具备儒家的基本生存条件时，他表现出比任何人都决绝的态度，但这并不意味着内心深处完全的绝望，决绝只是一时的策略。隐忍的同时是积极地寻求突破，他机敏地捕捉外界出现的细微转机，执着地为儒家身份的合法性斗争。叔孙通的儒家思想，代表的是一部分积极进取的儒生，代表的是儒学自身的一种，可以与时俱进、不固步自封的态度。而这正是最质朴的儒学要义，也是叔孙通被尊称为圣人的原因。
叔孙通这种做事的策略，在司马迁看来，已经不仅仅是儒家的做派，而且有了道家的色彩。所以司马迁特地用《道德经》的八个字概括了叔孙通的一生，这八个字就是：大直若诎，道固委蛇。意思是，最正直的人往往最能弯曲自己，因为道路本来就是曲折的。
人生的道路从未一帆风顺，弯弯曲曲才是常理。学习叔孙通的“合乎时宜”，懂得时移势易的处世与为人法则。能在困境中等待机会，秉大义而疏小节，终有一天我们也会实现自己的人生理想。