晚清民间秘密宗教在教义思想方面,承袭了明中叶以来民间秘密宗教中流传的宗教思想。这种宗教思想,就是以无生老母为最高崇拜,以弥勒佛为信仰核心,以真空家乡为理想境界,主张三教归一,强调三期末劫,重视末后一着的普度功效。尽管这一时期出现了像黄崖教、刘门教这样两个以宗教化的儒家陆王心学为信仰核心的教门,但是它们并不代表民间秘密宗教的主流,绝大多数教门崇奉的仍然是上述传统的教义宗旨。然而,在仪式与经卷方面却发生了明显的变化,这就是在仪式方面倡行设坛扶鸾(又称扶乩),并由此在经卷方面产生了一种新的体裁即坛训(又称鸾书)。

约在明初,民间秘密宗教中出现了一种名叫“宝卷”的经卷,它是民间秘密宗教记载教义、仪式、规戒等方面知识的专门典籍,也是民间秘密宗教从事宗教活动的依据。明末清初,是民间秘密宗教刊刻宝卷的鼎盛时期,几乎是“每立一会,必刻一经”。(清)黄育楩:《破邪详辩》卷一,《清史资料》第3辑,中华书局,1982年。当时,刊刻的宝卷,不仅数量大,而且装帧考究,较之佛道经卷尤有过之。正因为如此,明末清初的封建统治者在查办民间秘密宗教时,每次都把搜缴、焚毁宝卷作为重要任务,这就遏制了宝卷的编写与刊行,此种状况一直持续到嘉庆年间。此后,民间秘密宗教中的一些教门,虽然也编写了一些宝卷,但主要是对明末清初宝卷的抄袭或改编,没有太大的发展。

鸦片战争以后,随着民间秘密宗教运动的再度勃兴,一种更适合民间秘密宗教迅速发展需要的经卷——坛训应运而生。坛训均为扶鸾的产物,与宝卷内容大同小异,但编写与制作却比宝卷简单,多是十言韵文,偶有五言、七言者,字数多者一二千,少者几百,因此很便于流传。此风一开,立即风靡全国。最迟至清末,鸾堂(举行扶鸾仪式的场所)几遍国中,设坛扶鸾成为民间秘密宗教的一项主要活动。举凡宣讲教义、吸收信徒、求医问药、聚敛钱财,乃至组建教门、发动起事等,都要设坛扶鸾。降坛“显圣”垂训的神灵,主要有无生老母、弥勒古佛、吕祖洞宾、关圣帝君、观音菩萨及各教门创教祖师等,由此产生的坛训多如牛毛,编印坛训的“善书局”也随之大量出现。这一时期,坛训的编写与制作数量之大,流布之广,影响之深,都是宝卷无法比拟的,因而构成了晚清社会的一大景观。

此外,晚清民间秘密宗教在组织结构上也趋向复杂。这一时期,在一些老教门中,虽然还流行着明末清初形成的“内安九宫,外立八卦”的组织形式,但在大部分新教门中,已经抛弃了这个传统,开始建立独自的组织系统。如先天道,其道内教职从上至下有家长、十地、顶航、保恩、引恩、证恩、天恩、众生八个等级。又如九宫道,其教首李向善将其组织分为十八“天”、五大“会”,他自己则以中皇天、天督的名义统一号令各“天”“会”。十八“天”各“天”,均设天督一人,负责掌管全“天”道务。“天”之下分若干“总盘”,设正、副总盘主各一人。“总盘”下又分若干“分盘”,设正、副分盘主各一人,下辖若干“小盘”,每“小盘”设正、副小盘主各一人,管辖二十四名道徒。五大“会”各会设总领一人,下设若干“直属大头绪”,辅佐总领掌管全“会”道务。“会”下辖若干支会或分会,分别设正、副会主负责本支会道务。如此繁杂的组织系统,对内可以严密控制徒众,对外可以迅速扩大教势。晚清民间秘密宗教中的大多数新教门之所以能在极短的时间内,使自己的教势跨越数省,乃至遍及全国,组织结构上的这种明显变化,是其重要原因之一。