义熙六年四月初，刘裕看着不远处的建康城，两个月以来悬着的心终于放了下来，建康可不能有失，这不止是他的大本营，他家眷尽数在建康。
原因无他，广州刺史卢循趁着他北伐灭燕之时，居然挥师建康，本来从攻破广固城开始，刘裕就打算先在这里坐镇，好不容易打下来自然不能再失去。
不过就在攻破广固没有两天，刘裕突然收到军报，广州刺史卢循分兵两路进攻建康，一路由卢循走西路，出始兴，沿湘江北上，攻长沙，另一路由徐道覆走东路，出南康，逆赣江北上。
短短一月时间，卢循和徐道覆行军非常顺利，竟然连取南康、庐陵、豫章各郡，两日前送来消息说，徐道覆刚刚又在长沙击败了他三弟刘道规。
这还不算，三月中旬的时候，江州刺史何无忌与徐道覆大战于豫章，兵败身死，刘裕连忙下令使用船只运输辎重，他自己则率领精兵加速回防建康。
刘裕皱眉看了一眼身后的士卒，面色俱是充满疲惫之色，这次是急急南返，士卒也多有伤病，随后下令朱龄石等人安顿好军士，又让人从城内请来医官，一行人急急忙忙入了建康城。
“朝堂情况如何？”
刘裕入了中军将军府，身后跟着刘穆之沈田子等人，不等众人回答，又问道：“刘毅所部可有军报送来？”
由不得刘裕不问，他现在目前最要了解的就是局势，返回建康途中时常有军报送来，不过因为路程的原因他知道的不是很准时，就说现在，刘裕已经有两天没有接到军报了。
刘穆之闻言也抬头望去，去岁北伐伪燕之时，他是跟着刘裕前去的，朝中留下的是沈田子檀道济徐羡之等人，有些情况他也需要了解。
“禀主公！”
沈田子拱手一礼，说道：“朝堂有人谏言，诸葛长民及左仆射孟昶二人，想奉天子北归广陵避禍，刘毅所部目下未传来军报。”
“愚昧，竖子！”
刘裕止住身子一身怒吼，厉声道：“值此危骇之时，将士心绪不宁，极缺坚守之志，一旦轻举妄动，军心瓦解，江北也难以保全。”
“主公所言有理。”
朱龄石拱手一礼，缓缓又道：“主公，卢徐二逆兵进建康，依卑职看应广招兵众，修治军事，并于当地聚兵戒严，分兵扼守各险要之处，拱卫建康。”
“不可！”
朱龄石的话语落罢，刘穆之抬手打断，拱手道：“主公，当下局势敌众我寡，如若分兵，恐暴露我兵力不足之处，且一处失守，也会动摇三军士气，依卑职所见不如今聚兵一处集中力量，也能让卢徐无法探知我军兵力。”
刘裕进入前堂左厅，脑海中不断盘旋朱龄石等人的建议，朱龄石的办法虽然好，可他现在兵力不足，募兵也招募不了多少，想来想去还是觉得刘穆之所言不差。
“主公，穆之此言有理，卑职附议。”
朱龄石一步跨出，虽然刘穆之当着他面驳回了自己的想法，但他们二人本就是刘裕的谋士，谁的想法好肯定是用谁的。
“主公，卑职附议。”
胡藩这时也行了一礼，现在只有这个办法，虚虚实实，让卢徐二人不敢轻举妄动。
“好，便依此言。”
刘裕点头同意，又道：“派出斥候，立刻前往豫州，刘毅这个蠢货。”
刘裕忍不住怒骂一声，前两天刘毅自请南征，想要去讨伐卢循，因为何无忌得身死让他有点担心，便打算让他等待自己领兵前来，一同出击。
结果这家伙就是不听，亲自率两万人出发，他又遣刘毅从弟刘藩往豫州当面劝止，并许诺平定之后平分荆州，现在五六天过去一点音讯都没有。
义熙六年五月，刘毅在桑落洲大败，全军覆没，朝野闻知刘毅兵败，喧扰不宁，卢循所部号称十万，乘胜继续东下。
刘裕亲自坐镇石头城统筹，这一个月来他一直在命人加筑军事，以木栅阻断查浦、秦淮河口，阻拦卢循，同时修治越城，并建查浦、药园、廷尉三个堡垒，分命诸将屯兵戍守。
这些天根据他和刘穆之胡藩等人的商议，如果卢循对建康以南的军事要冲新亭径直发起进攻，则胜负难分，如果他退回蔡洲西岸，那么胜利将手到擒来。
这样的设想之下，刘裕命宁朔将军索邈领降晋的南燕鲜卑千余人自淮北赶到新亭，果然在卢循所部到达新亭之际，大为畏惧，退回蔡洲。
但卢循仍试图等待建康及三吴举兵响应者，因为当初刘毅兵败时，豫州主簿袁兴国发动叛乱，占据历阳以响应卢循。
在等待的同时，卢循又派舰船十余艘攻击石头栅，刘裕命人发神弩将其击溃，卢循攻栅失败后，又在秦淮河南岸设伏，命老弱登舟驶向白石，佯作进攻姿态。
刘裕忧虑卢循军将自白石登岸攻城，于是亲自领兵北上阻击，同时命参军徐赤特坚守南岸。
不过，在刘裕离开之后，卢循便派兵火烧查浦，直取南岸，击败擅自出兵的徐赤特，晋将沈林子、刘钟据栅抵御，朱龄石亦率军相救，才逼退卢循。
随后，卢循领兵数万进抵丹阳郡，刘裕一面下令处死逃走的徐赤特，一面派参军诸葛叔度、朱龄石率精锐一千余人渡淮，击退卢循部数千人。
然而，让刘裕没有想到的是，就在这时候皇帝下诏授他太尉、中书监，加黄钺，刘裕上书仅接受所赐黄钺，其余官职一并推辞。
后来，他任命中军司马庾悦为江州刺史，出屯豫章，七月，卢循等因发起的攻势屡屡失败，且在各县中无法抢掠到物资，于是退回江州的寻阳。
七月中，刘裕得知后，马上任命王仲德为辅国将军、让广川太守刘钟、河间太守蒯恩尾随其后，他自己则回到东府城，打造水师，所建的舰船都是大舰重楼，高者十余丈。
因为刘裕知道如果卢循退兵，必然会进攻江陵，于是派索邈领军支援荆州，再派建威将军孙处率三千人，从海上奔袭卢循的大本营番禺。
此时，已经投降西蜀的桓谦也出兵攻击江陵，均被刘道规击杀，江州刺史庾悦的前锋也击破卢循偏师，断其粮援。