在核医学工作中，放射性废物主要是固体废物、液体废物和气体废物。简称为放射性“三废”。放射性废弃物不能以普通废弃物的方法进行处理，而要根据废物的性状、体积、所含放射性核素的种类、半衰期、活度情况相应处理。对放射性“三废”处理不当，会造成周围环境的污染，影响工作人员和周围居民的健康。因而妥善处理放射性“三废”是十分重要的。

最简易的处理方法是放置法。放射性污染的固体物质如安瓿、青霉素瓶、pH试纸、棉签、纱布及实验动物的排泄物等，均不可随意乱丢，也不可与非放射性废物混在一起。应放在固定的有电离辐射标记的污物桶内，并采用适当的屏蔽物加以防护，放置点应避开工作人员作业和经常走动的地方，存放时在废物桶显著位置标上废物类型、核素种类、活度范围和存放日期等。污物桶内应放置专用塑料袋直接收纳废物。装满后的废物袋及时转送专用的贮存室。放射性活度降低到达标水平（有关部门认定）后，方可作为非放射性废物处理。放射性活度不达标的固体废物交由环保部门处理。

含放射性核素的残液、患者的排泄物、用药后的呕吐物及清洗器械的洗涤液、污染物的洗涤水等均为放射性液体废物。在处理放射性液体废物时，应根据放射性物质的最大容许浓度、放射性核素的化学性质、放射性强度、废液的容积以及下水道的排水设备等情况进行不同的处理。废水处理主要有稀释法、放置法及浓集法。短半衰期核素以放置法为主，也可采用稀释法使放射性浓度达到容许排放的放射性浓度水平，核医学通常采用衰变池的方法，使放射性浓度降低到达标水平后，方可排入本单位下水道。

含长半衰期核素的液体，应先用沉淀凝集、离子交换等方法进行有效减容、固化，之后按固体放射性废物收集处置，不可排入下水道以造成污染。

操作含挥发性放射性核素标记药物时，均需在通风橱内于通风的条件下进行操作。通风橱排气口要高出周围最高建筑物，并且加高效过滤装置，并根据使用情况定期更换，以保证排出的废气达到环境保护的要求。更换的滤膜作为固体放射性废物处理。呼出的 ¹³³Xe应有特殊的吸收器收集，放置衰变。