嘉靖42年（公元1563年）12月23日，赵大河率领6400多人终于赶到了仙游城外和戚继光、谭纶率领的军队、僧兵成功会合。26日凌晨，戚继光和谭纶、赵大河等人指挥将士们，以及少林僧兵一起围攻倭寇大军，杨文等人在城墙上指挥500多人的明军和百姓继续发射神火飞鸦炸死倭寇。
最后在城内外军民的相互配合下仙游之战中明军一共斩首倭寇的首级498颗，被烧死、炸死的倭寇不计其数，松浦平准率领8000多名倭寇残兵向南逃窜，而明军只牺牲了朱钰、周能、童子明等24名将士。
仙游之战后，戚继光命赵大河和杨文、陈大成等6400多名将土留下来镇守仙游城，而他和谭纶率领1万多人的军队，以及月满率领的30名少林僧兵一起去追赶逃跑的倭寇。嘉靖43年（公元1564年）2月4日中午，戚继光和谭纶率领军队、僧兵终于在福建同安县的王仓坪（今福建省漳州市龙海区境内）追上了这支残寇，最后在王仓坪之战中明军一共斩首倭寇的首级177颗，烧死、炸死的倭寇不计其数，松浦平准、双剑谭、井上川信率领剩下的4000多名倭兵继续向南逃窜，戚继光和谭纶率领军队、僧兵继续追赶。
2月16日，戚继光和谭纶率领军队、僧兵又在漳州的蔡丕岭（今福建省漳州市漳浦县境内）追赶上了倭寇，战争开始后，戚继光先手持戚家刀与手持倭刀的松浦平准较量了三四个回合，接着戚继光砍断了松浦平准的倭刀，松浦平准手持被砍断的倭刀和戚继光继续较量，几分钟后松浦平准被戚继光一刀刺进了心脏，松浦平准大叫了一声，然后就倒在了地上；那边谭纶手持宝剑与双剑谭较量，谭纶先一跃而起举起宝剑向双剑谭的头砍来，双剑谭连忙用双剑挡住，他虽然挡住了谭纶的剑，但是谭纶的用力非常大，双剑谭踉跄地后退了几步，接下来谭纶一会儿左出击，一会儿又右出击，虽然双剑谭使用的是双剑，但是他接招的速度比不上谭纶进攻的速度，渐渐地双剑谭就招架不住了，最后双剑谭被谭纶一剑刺死；同时另一边8名僧兵又把井上川信团团围住，井上川信用倭刀刚刚挡往一棍，另一棍又朝他打来，井上川信被8名僧兵打的晕头转向，几分钟后他被8名僧兵打死，最后在蔡丕岭之战中明军一共斩首倭寇首级166颗，大量的倭寇被烧死和炸死，只有1000名倭寇逃往广东，福建的倭寇之患被基本平息。后来这1000名倭寇逃到广东境内后有一部分被广东总兵俞大猷率领的军队全部杀死，有一部分加入了吴平的海盗集团，有一部分逃回了日本，从此松浦家族很少再到中国沿海地区进行侵扰。
福建的倭寇之患被基本平息后，戚家军监军赵大河因为曾得罪过浙江巡抚赵炳然，所以遭到了赵炳然的弹劾，并被撤职，赵大河就离开了戚家军，离开时戚继光非常不舍，目送他远去。后来赵大河回到家乡南直隶常州府江阴县（今江苏省无锡市江阴市），在家里侍奉母亲，隆庆6年(公元1572年)9月13日，赵大河在家中去世，享年65岁。
赵大河离开后戚家军监军由军师唐尧臣兼任，不久，谭纶向嘉靖皇帝上奏，请救辞去闽浙总督兼福建巡抚的职务回江西为父亲继续守制，嘉靖皇帝同意后谭纶就回江西去了，谭纶走后汪道昆担任福建巡抚。
嘉靖43年（公元1564年），福建的倭寇之患被基本平息后，沿海地区实力较强的海盗首领就只剩下盘踞在广东沿海一带的吴平。
吴平(?～1566年)，福建诏安梅岭（今福建省漳州市诏安县梅岭镇）人，是在王直、徐海、陈东、麻叶和萧显等海盗首领死后，沿海地区最后一个跟倭寇关系最密切的中国海盗首领。
吴平早年曾投靠倭寇的队伍，充当内奸，在广东的潮州地区烧杀抢掠。后来吴平自立门户，手底下聚集了一大批无业游民和海盗，并且实力越来越强大，拥有军事力量两万多人，战船100多艘，是一个实力比较强的、盘踞在广东境内的海盗集团。他与倭寇相互勾结，狼狈为奸，吴平经常率领船队和倭寇的队伍一起在福建、广东的沿海地区进行烧杀抢掠。
嘉靖43年（公元1564年）2月，戚继光和谭纶率领军队先后在福建的王仓坪和蔡丕岭大败松浦平准等人率领的倭寇，8000多名倭寇打得只剩下1000名倭寇逃走，后来这1000名倭寇逃到了广东境内，并且有一部分加入了吴平的海盗集团。不久，又有2万名倭寇在广东境内登陆，随后他们与吴平等海盗集团相互勾结，并一起在广东的潮汕一带烧杀抢掠，广东的倭寇之患变得严重起来。广东总兵俞大猷率领刘显、汤克宽等15000多人对他们进行围剿，6月20日晚，2万人的倭寇大军被俞大猷率领的军队基本消灭，吴平海盗集团也被消灭了一部分，吴平海盗集团与倭寇大军之间的联系被成功割断。不久，俞大猷决定招降吴平和他的船队，11月，吴平和他的海盗船队接受招降后吴平和他的一些手下被遣送回家乡福建诏安的梅岭，回到家乡的吴平虽然表面接受招降，但是他在暗中招兵买马和命人建造100多艘战船企图东山再起。后来福建巡抚汪道昆和福建总兵戚继光的手下侦查到这个情况，汪道昆和戚继光决定联合俞大猷等人剿灭吴平和他的军队。那么戚继光和汪道昆能不能成功剿灭吴平和他的军队呢？请看下一章《戚继光和俞大猷商量围剿吴平集团，吴平率领军队逃往广东》。