嘉靖41年（公元1562年）八月初十六，牛田大营里的5000多名倭寇被戚继光率领的戚家军和王如龙、陈大成等人率领戚家军，以及戴冲霄的军队团团包围，最后两支军队不仅基本消灭了牛田大营的倭寇，还有木岭、闻读等总共长30多里的60座倭寇大营被6000多名戚家军和戴冲霄的2000多人的军队相继攻破，最后大家一共消灭了数万名倭寇，松浦平准和双剑谭等倭寇首领只带领2000多人逃亡兴化府城（今福建省莆田市）。
八月初十七，松浦平准和双剑谭等倭寇首领带领2000多人逃亡到兴化府城，此时城里也有倭寇2000多人，城里倭寇听到松浦平准和双剑谭等卜说，戚继光马上就要来了，并且还告诉城里的倭寇：他们牛田一带的倭寇大营伤亡惨重。于是所有的倭寇都紧张起来，然后倭寇们决定一起逃亡到距离兴化府城东南20里，地形非常险要的一座叫林墩（今福建省莆田市荔城区黄石镇林墩村）的小村庄。
林墩村四面环水，水网密布，河渠纵横，地形非常险要，本身水面上有许多座小桥，但是松浦平准和双剑谭等人带领4000多名倭寇到来后，松浦平准下令所有的倭兵只留下南面的一座叫宁海的小桥，把其它的小桥都烧毁。
八月初十八早上，戚继光和汪道昆、戴冲霄率领军队到达兴化府城后，在城里戚继光和汪道昆拿着地图讨论了一下，现在通过林墩村的有两条路，第一条路是先走西洪小路，再到林墩村南面对岸的宁海桥，但是军队要想快速通过小桥到达对岸的林墩村是不可能的，因为林墩村南面的这座宁海桥的桥身非常狭窄，军队在上面很难一起通行，只能分批通行，而且在小桥上前进时如果被对岸林墩村的倭寇发现的话，战斗打响后，戚家军要想在桥上用施展鸳鸯阵，以及鸳鸯阵的变阵两仪阵和三才阵是施展不开的；第二条路着是通往林墩村北面的黄石大道，黄石大道是一条比较平坦的大路，在这里打仗和前进就容易多了，于是戚继光决定在晚上率领戚家军走黄石大道，然后突袭林墩村。
晚上，戚继光为了防止林墩之战打响后其他地方的倭军经过兴化府城去支援，于是决定留下2000多人的戚家军、戴冲霄的2000多人，和汪道昆一起把守兴化府城，而戚继光只率领4000多人的戚家军去突袭林墩村。出发前，兴化的官员派了一位老百姓当向导给戚继光等人带路，其实这位向导早就已经被倭寇收买，也就是说他是一名奸细，但是兴化的官员不知道这位向导是一名奸细，戚继光等人也不知道。出发后戚继光和4000多人的戚家军就被这位向导带到了西洪小路上，这小路不仅非常狭窄，而且是一条有点泥泞的小路，再加上是黑夜，所以戚家军在西洪小路上行军十分困难，戚继光走着走着，就感觉有点不对劲，于是他叫人拿来地图，戚继光看完地图后觉得这不是黄石大道，他就问这位向导是不是走错了，可是这位向导回答说，这就是黄石大道。戚继光还是有点怀疑，但是现在如果要改道的话，一是不好找路，并且现在漆黑一片，找路花的时间就比较长，戚继光就命令大家继续行军，在快要到达宁海桥时，戚继光看见这座小桥后后悔了，因为他现在才明白过来向导是一名奸细，之前自己已经发现了疑点，就应该下令改道，但是现在已经来不及了，因为林墩村里的松浦平准和双剑谭已经带领4000多名倭寇来到了对岸，然后松浦平准下令倭寇们马上举起所有的火绳枪向戚家军开火，这位可恶的向导被当场打死，还有20多名戚家军也当场牺牲，戚继光只好命令戚家军应战，然后他派胡守仁等人返回兴化府城向汪道昆和戴冲霄求援，接着战争开始后有些士兵想通过宁海桥去打倭寇，于是戚家军又被打死了10多人，接下来戚家军的牺牲的人数越来越多，戚继光非常着急，正在这千钧一发的时刻泉州卫指挥同知欧阳深带领27名南少林僧兵和6名明军士兵快速通过北面的黄石大道赶到了林墩村，然后这些僧兵就像天降神兵一样，突然出现在倭寇面前，所有倭寇都吓了一大跳，还没有等这些倭寇回过神来，几秒钟过后欧阳深和这些僧兵、6名明军士兵就打死了数十名倭寇，原来欧阳深带领南少林僧兵和6名明军士兵之前在邻近的村庄里消灭了几百名倭寇，他听见林墩村的喊杀声后就带领僧兵赶来救援。这时，胡守仁、汪道昆和戴冲霄率领4000多人终于赶到，最后松浦平准和双剑谭只带着少量的倭寇逃亡其他方向。
欧阳深（公元1500~1563年），泉州南安县东田（今福建省泉州市南安市东田镇）人，明朝著名的抗倭将领和民族英雄，少年时期欧阳深和俞大猷一起在南少林再传弟子李良钦的门下学习过少林棍法，他虽然比俞大猷大3岁，但是因为投到李良钦门下时比较晚，所以欧阳深是俞大猷的师弟。欧阳深曾担任过泉州卫的指挥佥事、指挥同知和平海卫的都指挥司等官职，他一直都在率领南少林僧兵在福建境内抗击倭寇。
林墩之战中戚家军一共消灭倭寇3000多人，斩首倭兵的首级960颗，俘虏倭寇26人，解救出被倭寇俘虏的百姓2120人，但是在这场战争中一共牺牲了90名戚家军将士，是戚家军抗击倭寇以来牺牲人数最多、最惨烈的一场战争。