SLE是一个自身免疫性疾病，免疫调节异常致使机体自身耐受丧失，而诱发自身免疫反应。此病的发病机制十分复杂，尚未完全阐明，可能涉及环境因素、免疫因素及遗传因素等多个方面，此处仅将近年的某些进展作一简介。

SLE的自身抗体直接针对核抗原，包括DNA （dsDNA和ssDNA）、组蛋白、SSA、SSB及核糖核蛋白等。其中抗dsDNA抗体是SLE的标志性抗体，与LN发病密切相关。

含抗dsDNA的免疫复合物是如何沉积于肾小球进而致病的呢？现在认为可能有3种机制导致其肾小球沉积：①自身抗体与抗原形成循环免疫复合物，而后沉积至肾小球；②自身抗体与肾小球抗原（如层黏连蛋白、膜联蛋白A2及硫酸类肝素等）于肾小球原位形成免疫复合物；③循环中DNA/核小体通过电荷作用沉积于肾小球基底膜，作为抗原刺激抗dsDNA产生，然后原为形成免疫复合物。

这些免疫复合物能通过Fcγ受体（FcγRs）与胞内体toll样受体（TLRs）的复合刺激，或（和）通过补体系统激活，来进一步放大免疫反应，导致组织损伤。

补体系统活化对SLE和LN的发病具有极重要作用，它不但导致肾小球疾病，而且参与肾小管损伤。在SLE和LN发病中，早已认识到补体系统的经典途径激活是补体激活的最主要途径，但是近年也已肯定补体系统的旁路途径激活及甘露糖-凝集素途径激活也起重要作用。

另外，近年还在30%～80%的LN患者血清中发现了抗C1q特异自身抗体，Ⅳ型LN阳性率尤高。国内外观察均显示，其抗体滴度与肾脏病变活动指数及患者蛋白尿程度呈正相关。血清抗C1q抗体与抗dsDNA抗体并存能加速LN进展。当LN治疗好转时抗C1q抗体滴度将降低甚至消失，有报道此抗体滴度的显著下降（≥50%）能预测疾病缓解；而缓解病例复发时此抗体滴度又会升高，有报道抗C1q抗体在预测LN复发上优于抗dsDNA抗体。

SLE的发病机制涉及环境因素和基因因素两者的相互作用。现已认识到SLE是一种多基因疾病，全基因组扫描使SLE易感基因的研究取得了重要进展，现已发现约30个易感基因。不过，LN目前还没有得到这样的数据，迄今为止在人群中进行的大多数关联研究所获结果并不一致。

已经证明SLE的易感性与 HLA-DRB1* 1501 和 HLA-DRB1* 0301相关，在高加索人群中尤其如此。一些研究发现 HLA-DRB1* 15与LN相关，有研究提示 DRB1* 15和 DQA1* 01的相互作用增加了LN易感性，然而尚未被独立验证。有趣的是有学者在单变量分析中发现 DRB1* 0301等位基因是LN的保护性因素，但是在多种族队列的多变量分析中却未能证实。

最近发现FcγRⅠ、Ⅱ和Ⅲ基因与SLE的敏感性及严重性密切相关。然而一项近期的荟萃分析表明，仅在亚洲人群中LN与 FCγ RⅢ a-V/F158的F158等位基因显著相关，而在欧洲或者非洲裔人群无相关性。另外，已证明 FCγ RⅡ a-R/H131和 FCγ RⅢ b-NA1/NA2的基因多态性与LN无相关性，关于 FCγ RⅡ b-232T/I基因多态性的研究数据有限。

有研究观察了Ⅰ型干扰素通路中的多种候选基因与LN的可能相关性。其中 STAT4编码一种转录因子，可以被包括干扰素α（IFNα）在内的多种生长因子和细胞因子激活。几个人群的全基因组扫描发现 STAT4是SLE的危险因素。欧洲裔患者的两个大型研究中发现 STAT4单体型与LN具有相关性，但是另一个欧洲较小的研究却未发现相关，在日本SLE患者及中国汉族人群中也没有检测到相关。提示 STAT4基因型和SLE表现型的相关性可能存在种族差异。

一个最近的中国汉族人群全基因组扫描发现了几个既往在欧洲人群中未发现的SLE相关基因，其中 IKZF1被发现独特地与LN相关。这个基因编码 Ikaros家族的锌指1转录因子，能够促进淋巴细胞的分化和增殖，部分是通过调控T细胞的 STAT4起作用。

干扰素调节因子（IRFs）是TLR介导的Ⅰ型IFN表达的关键调节者，随后诱导许多Ⅰ型IFN调节基因。虽然IRF5是SLE明确的危险因素，目前还没有发现其与LN显著相关。然而在一个中国汉族人群中发现LN与 IRF7/KIAA1542区域强烈相关（1个IRF7多态性与 KIAA1542的SNP严重的连锁不平衡）。