当血吸虫病监测点具有充分代表性时，采用监测点纵向监测体系替代全国范围内的常规监测系统，具有高效、准确、经济等优点，能够弥补常规监测系统的缺陷。我国血吸虫病监测点的纵向监测体系的建立和发展经历了三个阶段。

20世纪80年代末期，我国血吸虫病疫情出现反复，部分地区疫情回升明显，为了能及时掌握全国血吸虫病分布和流行现况、疫情动态变化和趋势，推算全国病人总数，为制订血吸虫病防治规划和防治对策提供科学依据，卫生部疾病控制局（原卫生部全国地方病防治办公室）决定，从1990年起在全国血吸虫病流行较为严重的湖北、湖南、江西、安徽、四川和云南等6省建立13个（1995年增加至14个）“全国血吸虫病流行病学观测点”，系统开展了以行政村为单位常住居民、家畜病情和螺情等为主的血吸虫病疫情监测，促进了防治工作的开展和防治质量的提高。

2000年，为了加强全国血吸虫病疫情监测工作，卫生部疾病控制局在原“全国血吸虫病流行病学观测点”基础上，将观测点数目扩大至7个流行省份建立21个点，并同时将观测点调整更名为“全国血吸虫病疫情监测点”，监测内容除血吸虫病疫情外，还包括当地防治措施种类和强度等信息。与此同时，各省自行设立了数量不等的疫情监测点，包括固定（或纵向）监测点和流动（或横向）监测点，形成了监测网络，特别是大量流动监测点的设立，为各省每年正确估算病人总数、预测血吸虫病疫情变化趋势等发挥了重要作用，对全国各类流行区因地制宜开展防治工作，及时调整防治策略与措施提供了科学依据，提升了我国血吸虫病防治和监测工作的整体水平。

上述两个阶段长达l5年，监测点基本固定，主要针对血吸虫病疫情开展了监测，基本反映了当时血吸虫病疫情变化趋势，正确评估了当时防治效果和存在的问题。发现的问题包括：①单纯性化疗措施的局限性；②再感染难以控制；③耕牛在血吸虫病传播中的作用；④输入性传染源可能成为血吸虫病传播阻断地区突出的问题。这些监测结论目前依然具有重要的指导意义。

2005年卫生部按照监测工作“横向到边、纵向到底”的建设原则，制定下发了《全国血吸虫病监测方案（试行）》，明确卫生部负责全国血吸虫病监测工作的组织领导和方案制订，中国疾病预防控制中心负责血吸虫病监测工作的技术指导、培训、质量控制和资料汇总分析，各省、市、县级卫生行政部门负责本辖区血吸虫病监测工作，各省、市、县级疾病预防控制机构负责血吸虫病监测工作的具体实施，纳入其常规性业务工作。根据血吸虫病不同流行类型和疫情分类，中国疾病预防控制中心在全国10个省（直辖市）设立了80个“国家级血吸虫病监测点”，更系统地开展了血吸虫病疫情监测工作。监测内容除包括常规的螺情和病情监测外，还增加了人口、经济、气象水文等自然与社会相关因素的监测。各有关省（直辖市、自治区）根据自身情况还分别设立了数量不等的省级血吸虫病监测点。

2011年中国疾病预防控制中心修订下发了《全国血吸虫病监测方案（2011年修订版）》，在全国12个省（直辖市、自治区）建立了81个“国家级血吸虫病监测点”，广东省和广西壮族自治区新纳入了血吸虫病监测体系，在更大范围内开展血吸虫病疫情监测工作。监测方法和监测内容与前期基本保持一致，监测工作的组织领导、职责分工、具体实施与监测资料的收集、分析、报告和反馈等工作程序更加明确。