雍正对于奏折制度的改革
雍正创建了奏折录副制度，也就是备份制度。雍正要求，奏折必须要在正本之外另外抄一份副本留底。此举有两个目的：一是防止奏折在办理过程中遭到不法分子涂改，二是可以有效防止因各种意外因素而导致的原件丢失事故。在军机处成立之后，雍正更强调奏折的录副工作。抄写奏折，是军机处日常工作之一。军机章京是军机处的日常办事人员，也称“小军机”，多从内阁中枢等官员中选调，对书法功底要求很高，因为机密奏折都需要军机章京亲手抄写。一般的奏折也需要备份留底，军机章京无暇抄写，便交军机处方略馆人员抄写。
副本抄写一律用墨笔。相对于正本，副本可以稍许潦草，行款格式也可以稍微自由，但内容必须与正本保持完全一致。皇帝在原折所作夹批，也必须完全照录，并在该行上方注明“朱”字以示区别。
除录副之外，雍正还创立了“廷寄”制度，以保证自己的旨意能够顺利传达下去。所谓廷寄，就是皇帝有关告诫臣下、指示方略、考核政事、责问刑罚等机要文书，为防止发生泄漏事故，不再交由内阁明发，而是直接交由军机大臣密封，在加盖军机处印信之后，交兵部捷报处寄送相关官员，封面上写有“军机大臣字寄某官开拆”或“传谕某官开拆”字样。
廷寄制度的起源，与军机大臣张廷玉有很大关系。康熙皇帝驾崩之后，雍正经常“席地而坐，晨昏涕泣，群臣入奏事则忍泪裁断”[11]。这种情况下，雍正处理政务，多为口授大意，当时担任礼部侍郎兼内阁学士的张廷玉或于御前伏地书写，或隔着门帘在几案书写，随即呈雍正御览，之后便直接下发。在此之后，雍正对张廷玉越发信任。雍正三年（1725）七月，由于内阁书写谕旨多有讹误，雍正便将书写谕旨之事更多地交给办事谨慎的张廷玉。雍正曾这样表扬张廷玉：“朕嗣统以来，元年、二年内阁面奉之旨书写时，动辄讹误，自张廷玉为大学士，听朕谕旨，悉能记忆，缮录呈览，与朕言相符。”[12]出于对张廷玉的信任，雍正办理军机要务，也由张廷玉书写谕旨，交兵部封发的汉文谕旨遂逐渐增多。谕旨写就之后，多以信件的方式直接交由兵部寄给相关人员，廷寄至此已经基本成型。
随着军机处的成立，廷寄的程序及相关制度越来越完善。皇帝向军机大臣指示机宜后，军机大臣承旨撰拟清折进呈，称为“述旨”。在经皇帝修改阅定之后，再由军机处密封发出。信函封口及年月日处，都加盖办理军机处印，然后交兵部捷报处递送。封函书“办理军机处封寄某处某官开拆”或“传谕某处某官开拆”，并根据事情的缓急，于封函注明驿递日行里数，或三、四、五、六百里不等。廷寄谕旨寄到之后，只许受命者本人拆阅，任何人都不得代拆。受命大臣在领旨以后，须将接到廷寄的时间、承旨寄信者衔名、谕旨的内容以及如何办理的情况，向皇帝一一复奏明白，以防止滥冒传旨的情况出现。
廷寄可以明显加快传递速度和办理速度，提高政务处理的效率。更为重要的是，本属内阁参与或撰拟诏旨的机要事务，完全避开了内阁，至此完全置于皇帝的直接控制之下，很好地实现了集权统治。除此之外，廷寄也很好地达成了保密的目的。
雍正一向高度强调保密。雍正朝的许多重大改革，都是君臣通过密折商议决定。雍正一再要求具折之人，把保密放在最为紧要的位置，不可令一人知之。出于保密的要求，雍正要求具折之人如果不能做到保密，就不要上密折。
不仅是具折人不得向外声张奏折内容，领受朱批谕旨之后也要保守机密。即便是密级较低文件，如果私自转让他人知晓，那就是违法。对于不遵守保密规定的人员，雍正制定了相应的惩罚措施。雍正二年（1724），雍正发现浙闽总督觉罗满保、山西巡抚诺蜗、江苏布政使鄂尔泰、云南巡抚杨名时等人都有私自泄露密折内容的行为，当即决定停止他们的具折权力。在这些受到惩处的官员承认错误，并一再请求之下，才出于处理政务的需要，恢复了他们的具折权。
为了加强奏折的保密管理，雍正采取了多项措施。
首先是及时收回朱批奏折。雍正要求奏折人在得到朱批谕旨后的一定期限内，必须将原折及朱批一并上交皇宫保存，本人不得抄存留底。同时，奏折中的朱批，亦不得写入题本，将其作为奏事的依据。
其二是打造奏折专用箱锁。雍正下令内廷特制奏折匣，并配备锁钥，发给具奏员。具折之人必须将奏折装入匣内，派遣专人送至京城。至于密箱的钥匙则只有两把，其一给具折人，另一把雍正亲自掌握，任何人不得私开。为了保证具折之人能够连续书写密折，雍正可为具折人发放四个奏匣。广州巡抚常赉的奏匣曾被贼盗去，只得借用广东将军石礼哈的奏匣，自己并不敢仿制。当然，在雍正朝，这种奏匣只有极少数人拥有。到了乾隆朝，奏匣仍然是一种赏赐之物，能够使用的官员仍然不是很多。
有人青云直上，有人牢底坐穿，有人飞黄腾达，有人身败名裂，在权力的游戏中，小小的奏折成为其中的关键。清朝的皇帝们正是通过奏折来实现着对政情、军情、民情的了解，以及对整个国家的掌控。从某种意义上说，掌握了奏折阅览与批复的权力，就是掌握了皇权。而严格的保密制度与管理制度，也为整个清代政局增加了一丝诡异的气氛。
其三，奏折直接送往内廷。内廷之中，只有军机大臣怡亲王允祥，大学士张廷玉、蒋廷锡等，才有转传奏折的权力。这些军机大臣也只是代转，不得私自拆阅。具折人也不得用任何方式向代转之人说明奏折的内容。
即便是允祥这样非常亲信的军机大臣，也没有阅览密折的权力。所有的密折，都只能由雍正一人亲自阅看，所以处理政务便只能由他独断专行。这不仅仅是强调保密，更是为了确保绝对的皇权。在雍正的设计中，军机大臣只能在这个过程中起到传达的作用。密折经他们办理廷寄手续之后，转回到具折人手中，再由具折人按照朱批谕旨办事。
雍正精心设计和改革奏折制度，为他占有和掌控至高无上的皇权提供了条件。机密之事只能有皇帝一人知晓，其他官员则只能处于相互监督、彼此牵制，甚至人人自危的境况，这有效防止了官员的官欲膨胀和贪腐行为，同时也使得政权牢牢控制在皇帝一人手中。