诸葛亮又接着道：“现在的曹操占尽天时地利人和，实力已经战胜袁绍，拥有一百万兵力，而且他又挟持天子发号施令，您不能光凭武力去和他角逐。而孙权占据江东一带，已又三代之久，江东地势险要，是个易守难攻的地方，那里百姓安居乐业，都归附于他，还有一批有才能的人为他效力，您可以考虑和他联合，但千万不能打他的主意，否则后果不堪设想。”刘备点头称赞：“先生果然是神机妙算。”接着，诸葛亮分析了益州的形势，他说：“益州土地肥沃广阔，物产丰富，人口兴旺，被人称为‘天府之国’，但是那里的主人刘璋也是个懦弱无能的人，骄奢淫逸、不懂节制，大家都对他不满意，那个地方迟早会被人吞并，将军如果想要平定天下，完全可以从那里下手。”“如果我攻占了荆州、益州，那里的百姓受战火荼毒，还会接受我吗？”刘备说出自己的担心之处，希望能从诸葛亮口中有所解答。诸葛亮片刻思索后，对刘备自信满满地说：“将军既是汉室皇室的后代，为人又是声望很高，天下闻名，这几年到处罗致英雄，思慕贤才，早已是众人心目中的英雄。如果您能占领荆、益两州的地方，守住险要的地方，和西边的各个民族和好，又安抚南边的少数民族，对外联合孙权，对内革新政治，一旦您有机会，就可以从荆州、益州两路一齐进军，集中力量攻击曹操。到那时，有谁不欢迎将军您呢？老百姓谁敢不用竹篮盛着饭食，用壶装着酒来欢迎将军您呢？如果您真能做到这个地步的话，那么平定天下的事业就一定能够成功，汉室的天下就可以复兴了。”刘备听了诸葛亮的一番话，不禁打心里钦佩起眼前这个青年人，认为他是旷世奇才，便十分真挚地说：“先生的话真是让我茅塞顿开，我一定照您的意见规划，现在就请您出山辅佐我吧，不要浪费您的才华。”诸葛亮当即摇摇头，婉拒道：“我志不在此，就请将军不要再为难我了。”见诸葛亮不肯出山，刘备又劝道：“我自知蹉跎半生，身边虽有关羽，张飞等猛将，而无出谋划策运筹帷幄之谋士，便礼仪贤下士，寻求良辅，因缘巧合之下，我在司马徽和徐庶的荐举下得识了您，您就是我心目中的良将，真心希望您不要再推脱了。”即便此时，诸葛亮还要再考验他一番，便故作冷漠高深之态，再三拒绝他的盛情邀请，摆出了一张柴米油盐不进的表情。没想到诸葛亮越拿架子，刘备就越是谦恭尊敬，他觉得诸葛亮人才难得，便又多次恳请他，下定决心一定要将他收到麾下。最后，诸葛亮表现出还想推托的样子，但是刘备已经没有别的方法可用，只得使出最后一招，当着诸葛亮的面放声大哭，一边抹泪一边哽咽地说道：“如果先生您此时还不出山，那天下的百姓可怎么办啊？他们还在经受着巨大的苦难，现在甚至还没有安身之所啊！”诸葛亮看到刘备这样的热情诚恳，心中对他的知遇之恩充满了感激，也就逐渐松了口，答应了刘备的请求，并且立即收拾了简单的行李，带着弟弟和妻子，跟着刘备到新野去了。从诸葛亮出山辅佐刘备以后，刘备就把他当作自己的老师对待，让他成为自己的军师，掌管军中要事，而诸葛亮感激刘备的知遇之恩，也把刘备当作自己的主人，倾注全力协助刘备建立蜀汉政权。因此，两人也越来越亲密，关羽和张飞将这些看在眼里，心里很不满意，认为诸葛亮年纪轻轻，没有经过大风大浪，就是个纸上谈兵的白面书生，心想他未必有多大能耐，经常责怪刘备把他看得太高了，放得太重。刘备听见他们的偏见，感到很不高兴，就耐心地向他们解释说：“我有了孔明先生，就像鱼得到水一样，以后我可不许你们乱发议论，在背后对他指手画脚。”关羽、张飞听了刘备的话，觉得自己的确对诸葛亮有成见，自知有错，就不再说这事了。
这次谈话让诸葛亮从此踏入了滚滚的战争硝烟中，也正式走上了三国时期的历史舞台，并在以后逐步踏上了遥不可及的神坛。而诸葛亮所提出的《隆中对》（《草庐对》）成为此后数十年刘备和蜀汉的基本国策。
当诸葛出山成定局后，这一天，司马徽像是忽然预见到了什么似的，一个人站在家门口，远远望着那斗折蛇行的山路，司马徽曾经说过“儒生俗士，岂识时务？识时务者在乎俊杰。此间自有卧龙、凤雏”，而这一次他又开口了，只不过这一次他说了这样一句话，他说：“卧龙虽得其主，不得其时，惜哉！”这一年诸葛亮二十七岁。这一年是他人生的中点，也是他人生的转折点。这一年，他开始了他辅佐刘备成就大业的历程。
择主玄德
自各地豪杰同时起兵起以来，天下出尽英豪，而现在的曹操更是今非昔比，坐拥百万精兵雄师，再加上挟持皇帝来号令诸侯，一般人早已没有能力与他争强。孙权占据江东，已经历三世了，地势险要，民众归附，又任用有才能的人治理，实力也是上乘。除去这两个最有实力的，还有众多可供选择的军阀，只剩下刘备既没有自己的领地，又没有什么本领，只打着汉室的旗号，诸葛亮为什么会选择刘备呢？为什么不辅佐更有可能统一天下的曹操来成就自己的事业呢？诸葛亮为什么没有投靠近在咫尺的刘表？
当时刘表的实力不逊于曹操孙权，但是诸葛亮用敏锐的政治眼光看出了刘表并不适合依附，这也是促使他当初决定隐居南阳的原因之一，否则念及叔父与他的情义，诸葛亮的最优选择也应该辅佐刘表。刘备打着汉室宗亲的口号有政治优势，曹操和孙权有经世之才、军事优势，而安居一隅的刘表与之相比，统一天下的概率太小了，这与诸葛亮的最终理想相差太远。所以，诸葛亮不会浪费自己的才能在这样一个扶不上墙的刘表身上。
曹操相比与其他急于求成的军阀要高明许多了，知人善用，有勇有谋，为了使自己名正言顺地掌握国家大权，他不仅没有换掉这个皇帝，而且还把皇帝客客气气地供奉起来，利用这个现成的傀儡来号令天下、号召诸侯，这便是“挟天子以令诸侯”。曹操凭借着自己高超的政治本领对本集团实行强人政治，对自己的产业，曹操主张必须只有自己才能说了算，有着相当独立的决定权，可以说是近乎独断专权，身前和身后的一切事情，他事必躬亲，只信任自己一个人的决断，是一个相当多疑的当权者。
曹操才略过人、风头正劲，而诸葛亮却没有足够的资本与之抗衡，如果这时的诸葛亮选择了跟随正处大势的曹操，那么很可能形成一山二虎的形势，而事实证明诸葛亮的顾虑是非常正确的，未来杨修的命运就是最好的证明。南阳隐居的阶段是他修身养性立志用世的准备阶段，十年磨一剑，他学有所成后没有北走曹操，也没有南归孙权，而是辅佐了“名微众寡”的刘备，这其中一定存在客观原因，但是也并非完全出于偶然。诸葛亮志向是建立一个非士族法治国家，他是没落士族的典型代表，这种身份在当时看中门第的社会想要成就事业是相当艰难的。因为各方军阀混战，世家豪强与军阀的合作纽带越来越稳固，并呈现越来越明显的地域特征，如袁绍与河北豪族（逢纪、田丰、沮授）、刘表与荆州豪族（蔡瑁、张允）、孙氏与淮泗、江左豪族等。与之相呼应的就是荀彧、孔融这样的名士投靠一方诸侯时，从不是形单影只，而是携家带口，与宗族、部曲相伴而行，像李典、许褚投奔曹操时，部曲皆有几千人。曹操的崛起因素中，与荀彧为代表的颍川郡望合流是至为关键的一步，荀彧先后又为曹操举荐了荀攸、钟繇、郭嘉、陈群、杜袭、戏志才等颍川名士，后始称雄一方。诸葛亮纵有经天纬地之才，也不可能弥补其身后不可忽视的宗族背景，若要有更加广阔的政治舞台以施展才能的机会，宁为鸡首不为牛后，仕于刘备这样的新兴军阀才是他更好的选择。
诸葛亮之所以要选择兴复汉室的道路，说明他是一个维护封建纲常、崇尚儒家忠义道德的人，诸葛亮本是徐州琅琊人，曹操放任青州军在徐州屠城，迫使他举家迁到荆州，并间接导致了他与哥哥诸葛瑾、继母顾氏的失散，算来曹操和诸葛亮是有仇恨的。再加上曹操手下人才众多，星光闪耀，想要博得曹操的赏识是非常困难的事情。曹操起兵，同族的曹仁、夏侯惇等人相随，纠集沛国谯县乡里少年几千人。初时无多少地盘势力，靠镇压黑山起义军，封东郡，以东郡程昱、陈宫为幕僚，后荀彧转投曹操。曹操又靠镇压青州黄巾，升为兖州牧，掌控黄巾三十万众。此为后来曹统一北方的奠定基石。曹操选才方面虽“不拘一格”，但仍然需要依赖与世家大族的合作，人杰如郭嘉者，也难以企望得到荀彧、司马懿那般政治地位，况且当时曹操已经统一北方，在他的阵营中已经形成了完整的系统，可以说是几无多少没落士族的政治上升空间。
据《三国志·诸葛亮传》裴松之注引《袁子》中叙述，在曹操败走赤壁前，诸葛亮考虑过是否要派人出使东吴，去说服孙权与刘备联盟。孙权身边的谋士张昭看出诸葛亮是非同寻常的人，极力向孙权推荐诸葛亮，而孙权也动心了，想要留住他，但遭到了诸葛亮的拒绝。袁子曰：“张子布荐亮于孙权，亮不肯留。”有人问诸葛亮原因，诸葛亮答道：“孙将军可谓人主，然观其度，能贤亮而不能尽亮，吾是以不留。”意思就是：“孙权将军可以说是人主，但通过观察，他能认可人的才能，但不会让我尽展所学，所以我不会留下！”诸葛亮清楚地知道，江东，是一个历经孙坚、孙策、孙权三代人苦心经营发展起来的一个利益集团，经过时间的沉淀，孙权那边人才已经积累太多，供大于求，而且各方势力关系相当密切，已经形成了固定、稳定的关系网，这与曹操的阵营情况差不多，而诸葛亮的愿望不仅仅是一个谋士的位置，而是希望成为一个开国元勋，成就一个国家，在东吴的各方势力的打压下，他是不可能有机会上位的。
刘备只是一普通不过的织席农民，唯一可以称得上是优势，就是沾了祖上中山靖王刘胜的光，算起来，也只是名声比曹操、孙权能稍好一点，除去这块汉室金字招牌，其他无所凭借，但是后来刘备照样得天下三分，不得不说其中有诸葛亮很大的功劳。刘备一世枭雄，早期各处辗转流离，虽称汉室宗亲，有帝王之分，但几无世家大族青睐，追随者如关羽、张飞、糜竺、孙乾等人，都没有显赫背景，再加上刘备不似曹操那样强势，使诸葛亮能最大限度地地掌握权力，施展自己的抱负。刘备对诸葛亮的信任和诸葛亮对刘备的忠诚，这使得两人情同手足，同生死共命运，遂开蜀国之天下。后来在刘备临终时，他托孤诸葛亮于白帝城，将蜀国全部事情委托给诸葛亮，这也证明了诸葛亮的眼光独到。