刘基成了朱元璋的主要谋臣，对朱元璋打天下做出了重要贡献，朱元璋对外征战，刘基与李善长一起留在元帅府处理府中大小政务。
经过管理，刘基发现一些问题，建议朱元璋重新制定律令，朱元璋很信任刘基，于是就把修改律令的任务全权交给他。
修改了律令，朱元璋又开始整编军队，军队全部改编后，新的作战计划出台。朱元璋采取刘基的建议，首先把作战目标对向陈友谅。在其他起义军里有一个头目领袖叫方国珍，方国珍是第一个反元的农民起义领袖，在众多起义军里有一定影响力，这次作战计划，朱元璋选择密通方国珍，妥协张士诚，打击陈友谅。方国珍按兵不动，张士诚隔岸观火，这给朱元璋打击陈友谅带来了有利条件。
大将军徐达身经百战，十分英勇，在陈友谅毫无心理准备的情况下率师攻打陈友谅，把之打的溃不成军，退回了根据地武昌。
陈友谅大败后，张士诚的大将李伯升感觉事情不妙，他进平江，见张士诚，说出自己的担忧。那时张士诚正在江浙一带实行改革，百姓分到土地，安居乐业。正因为张士诚的贤明，李伯升对他很忠心。张士诚有一位妻子刘氏，夫妻二人很恩爱，李伯升进府，刘氏正与自己两个孩子在院子里玩耍。
李伯升上前问安，“夫人。”
刘氏抬头，“哦，原来是李将军。”
李伯升皱着眉头，愣了一会儿，才说：“夫人，末将希望夫人能在私下劝劝大帅，不要大帅只守着平江，长此以往，迟早会被朱元璋吞并。”
刘氏温和一笑，“我一个妇道人家不懂国家大事。”
“但是这事关大帅前途，一定要重视起来。”李伯升很着急。
“我知道，将军说的也有道理，我回去会督促大帅的。”
李伯升躬身，“谢夫人。”
“没事。”说着，刘氏弯腰抱起较小一点的孩子，另一只手牵着较大一点的孩子离开院子。
李伯升目送刘氏离开，等刘氏的背影消失，李伯升摇摇头叹了口气。
数日后，李伯升等消息等的不耐烦，想再次去见张士诚，不想这次张士诚主动召见他，听了，李伯升一喜，慌忙换装朝大帅府赶去。
大殿上的张士诚面色铁青，殿内跪着陈将军，李伯升不知道发生了什么事，进殿朝张士诚一拜，“大帅。”
张士诚看着李伯升问，“我军将士贪污腐化，李将军说说该判什么罪？”
“这……”李伯升犹豫着看向跪在地上的陈将军，陈将军看上去很害怕，但是军中有纪律，更何况在这节骨眼上，更加不能出错，于是李伯升双手抱拳回道，“国有国法，家有家规，将军犯法罪加一等，是死罪！”
“嗯，”这次张士诚没有像以往的仁慈，朝殿外高喊，“来人，把陈将军带出去就地正法！”
“不要啊！大帅饶命！”陈将军哭天抢地使劲嗷嗷，可是张士诚看也不看他，就被两名侍卫拉出去。
大殿恢复平静，李伯升不说话，等着张士诚开口，不想等了好一会儿，听见的只是张士诚的叹息声，李伯升抬头看他，张士诚说：“李将军说的对，做大事者不能妇人之仁，想那朱元璋心狠手辣，消灭陈友谅后肯定也会对付我们。”
李伯升抱拳，“大帅说的甚是。”
张士诚义正言辞，“李将军，你就带兵去攻打长兴！”
“是！”；李伯升领命。
朱元璋那里，刘基立在他身旁，朱元璋悠悠地说：“张士诚终于坐不住了。”
刘基躬身，“大帅，您可以传常遇春将军，以常将军之才，那李伯升肯定不是常将军的对手。”
“呵呵，”朱元璋笑，“我并没有放在心上，再说我已经想好了计策，想那李伯升肯定大败。”
这一战，李伯升吃了大亏，刚上战场就遭到常遇春与耿炳文的内外夹击，被打了个落花流水。
又大获全胜，朱元璋非常高兴，接受刘基的建议奖赏众将士。于是军心大振，一鼓作气，相继攻克安庆、江州等地。并于第二年（1362年）占领龙兴，被朱元璋改为洪都。