1978年，党的十一届三中全会确定了“一个中心，两个基本点”的基本路线，我国卫生事业发展进入了改革开放的新时期。同年，在阿拉木图召开的国际初级卫生保健会议上，初级卫生保健的中国实践被世界卫生组织作为典范，向发展中国家推荐。1996年12月，党中央、国务院在北京召开了全国卫生工作会议，确定了新时期卫生工作方针“以农村为重点，预防为主，中西医并重，依靠科技与教育，动员全社会参与，为人民健康服务，为社会主义现代化建设服务”。

在农村，中共中央、国务院于2002年印发《关于进一步加强农村卫生工作的决定》，组织农村卫生三项建设，巩固健全县、乡、村三级医疗卫生网，大力发展新型农村合作医疗，培养了一大批乡村医生，同时规范机构管理，建设群众满意的乡镇卫生院，推动乡村医疗卫生机构综合改革和城市医院支援农村卫生工作。

在城市，1997年印发的《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》首次提出“改革城市社区卫生服务体系，积极发展社区卫生服务”。2006年，国务院印发《关于发展城市社区卫生服务的指导意见》，大力推进城市社区卫生服务。制定了发展社区卫生服务的系列规范性文件，组织创建社区卫生服务示范区和示范机构，探索社区卫生综合改革。

2009年，中共中央、国务院启动实施了新一轮医药卫生体制改革，确立了把基本医疗卫生制度作为公共产品向全民提供的核心理念，提出了“保基本、强基层、建机制”的基本原则，明确了近期五项改革重点，基层医疗卫生体系成为落实各项制度的交汇点。

截至2011年，全国共设置乡镇卫生院3.79万个、村卫生室66.29万个、社区卫生服务中心7 861个、社区卫生服务站2.58万个。全国居民新农合参合率达97.48%，各级财政对新农合补助标准提高到了每人每年200元左右。国家基本公共卫生服务项目在城乡基层广泛开展，人均基本公共卫生服务经费补助标准提高到25元。政府办基层医疗卫生机构实现基本药物制度全面覆盖。初步形成了基层医疗卫生机构与二、三级医院及专业公共卫生机构间功能互补、上下联动，中西医机构并举并重，公立与非公立医疗机构合作并存、协调发展的服务格局，我国基本医疗卫生制度框架初步建立。