上述三城中，萩城城主是曾经覆灭大内家的偏师主将吉见正赖（他的正室是大内义隆姐姐，儿媳好像是毛利辉元的姐姐？）。
山口城城主是市川经好，唯有海边的防府城相对好打一些。
于是立花道雪深知长防地区没有毛利主力的情况下，放心大胆地果断分兵。
一部由菊池则直领肥后众四千余和菱部镇幸的肥前众一千余共计五千多人北上攻击萩城。
自己领五千直属农兵继续向前推进。
大内辉弘则是在神代长良日向众三千人登船，在水军警固众运输下前往周防登陆。
神代长良等人在登陆后，在周防吉敷郡秋穗浦上岸，立刻打出大内辉弘的旗号。
得知大内复归的消息后，一瞬间周防西部风云变幻。秋穗、岐波、白松、藤曲等原来的大内遗臣在毛利治下过的并不好也得不到毛利信任，倍受蚕食，一瞬间全部倒戈加入。
于是周防反毛利势力瞬间大增，仅大内复兴军很快聚集起四千余人。
八月二十四日，大内辉弘、神代长良共计七千余人进攻陶垰，毛利方的山口町奉行井上就贞守卫平野口，信常元实守卫小郡口。
由于人数占据绝对优势，神代长良和大内辉弘无视他们的防御，在系根垰和毛利军激战半日，井上就贞被讨伐，信常元实逃跑。
紧接着，大内复兴军继续进军，接连攻陷龙福寺和築山城，并且和推进至本地的立花道雪汇合，包围高领城。
高领城城主市川经好的市川家是吉川家的分家。市川经好父亲为吉川经世。
吉川经世收养吉川元春为养嗣子，因此被加封为安芸国市川，由此改吉川苗字为市川。
市川经好由于在毛利家麾下屡立战功，行政能力非常突出，于是在毛利防长攻略以后被任命为山口奉行，居城高领城。
高领城被包围后，城中仅有数百名守军，立花道雪直接下令攻城。
但是，在守城方的城池优势之下，少弐军在不动用城池爆破众的情况，攻城受阻，高领城守军顽强地抵挡住了少弐军的进攻。
立花道雪不愿意太过于仰仗爆破众，于是改变强攻策略，采用大内辉弘的意见，派大内家臣趁夜色和攻城掩护进入城内，准备调略市川经好。
只不过最终结果让人啼笑皆非，市川经好没有调略成功，反而将他的儿子市川元教调略了过来。
双方约定以软禁市川经好、由市川元教担任市川家家督，并放逐市川元好为条件。
市川元教担任内应，里外配合下攻陷高领城。
只不过市川经好和其妻子市川局不愿投降，在城破后切腹，市川元教的弟弟市川元好在送往九州途中落水而亡。
这下子，市川元教的手段我是领教了，只不过现在没有什么好的牵制办法，只能将他暂时留在久留米城，并在他抵达久留米城时给他发放了安堵文书，他也识趣地献上了效忠的起请文，并且被我指婚迎娶神代种良之女为正室，战事结束后转封。
虽然这个时候周防西部还有人在抵抗，但是等到出云方向传来了毛利惨败的消息后，在国清寺主持竺云慧心的中介下，内藤就藤、山县元重、津野留直等附近小国人和乡侍等纷纷投诚。
另一方面菊池则直带领大军直逼萩城。
吉见正赖原在津和野出家为僧，天文9年(1540年)石见吉见家原来的家督吉见隆赖天折（吉见正赖的哥哥），正赖还俗继承家督。
吉见正来深受大内家督大内义隆欣赏。天文20年(1551年)，大内发生内乱，大内义隆重臣陶隆房发动政变，大内义隆被逼自尽，史称大宁寺之变。
吉见家邻近的益田和陶家有姻亲关系，所以益田家家督益田藤兼也参与了大宁寺之变，这引起了吉见正赖的不安。
同年石见吉见家和益田家爆发了冲突，因益田家得陶家之助，吉见不敌益田而战败。
吉见正赖举起反陶晴贤(陶隆房迎立大内义长之后改名)的大旗，并号召各地原臣服大内的豪族为大内义隆报仇。
安芸的毛利元就借此机会秘密联络吉见正赖。
后陶晴贤发动大军联合益田家攻打三本松城，展开长达5个月的笼城战。
吉见正赖被逼和陶晴贤缔结和约，交出儿子吉见广赖为人质。
翌年，陶晴贤败于严岛之战而自尽。毛利元就联合吉见正赖展开防长经略，攻击大内的领地山口，扫除来自长门阿武郡渡川城的大内军(野上忠房军)，将之迫回山口北部的宫野口，山口最终陷落。
吉见正赖也出兵包围益田藤兼守备的七尾城，逼使益田向毛利臣服。
弘治3年(1557年)，大内末代家督大内义长自尽，宣告大内氏灭亡。吉见正赖成为毛利元就的家臣，领有石见国吉贺郡、长门国阿武郡、厚东郡及周防国佐波郡。
萩城位于阿武川出海口的西北端，坐落于指月山之上，为山城。
设有本丸、二之丸、三之丸于山麓下，更有水堀、土屏等防御措施，易守难攻。
菊池则直抵达后，没有贸然发动进攻，而是选择了围城。
此刻正是稻谷成熟的时节，围城后，菊池则直派出部分军势在城外抢收粮食以充军粮。吉见正赖在城上看到后，集结士兵，擂鼓作出要战之势，菊池则直见状立刻停止收割待战。
这时吉见正赖止住擂鼓，又不出战了，菊池则直见状放松了警惕。
如是者三，菊池则直大怒，当即表示你吉见正赖有点欺人太甚，于是命令士兵不再收割粮食，而是一把火全部烧掉。
一时间稻田内火光冲天，城内上的吉见正赖这下子受不了了，看见菊池则直放火后不再嚣张，立刻下令固守。
菊池军虽然人多势众，但是吉见正赖的防范工作做得极为细致，菊池则直不断地派人试探，结果都失败而返。
等到毛利军在出云战败的消息传来，吉见家准备于夜间突围前往石见。
吉见正赖带领一门数十人趁夜发动，由于菊池则直防备松懈，被吉见军差点成功。
双方在城下激烈交战，菊池军一度被击退几百米之远。
幸好在不远处下寨的阿苏兴惟感觉事情不对立刻前来支援，双方在城下爆发大战，由于肥后众人多，吉见正赖的突袭失去了突然性，局势已经越来越不利于吉见正赖，于是吉见正赖判断形势已然不利，开始向城内退去。
菊池则直乘势进攻，于当日清晨占领了萩城的全部外郭（出丸）。
经过突围失败，萩城内士气已然跌落谷底，菊池则直也认为这是一个夺城的好机会，没有给吉见正赖喘息之机，进行动员后再次发动进攻。
城内的吉见正赖则是利用城池的防御设施，不间断发射弓箭、铁炮、石块等给菊池则直带来很大的伤亡。
直到立花道雪带领的援军赶到，利用城池爆破众爆破城墙攻入二之丸。
到了这一阶段，萩城陷落已成定局，且这么久，毛利家没有派出任何援军。
在长达两个月的围城下，萩城内兵粮匮乏、水源断绝，再加上毛利军的援军又久久不至，吉见正赖决定投降。
立花道雪不许，吉见正赖眼见再拖下去城内光饿就会失去抵抗，再次恳求投降。
立花道雪依然不许，吉见正赖明白自己吉见家是保不住了，带领城兵发起绝望突击后，全军尽没，萩城落城。