嘉靖44年（公元1565年）9月25日，俞大猷等人率领宗擎和普从，以及1万多人的水军，并驾驶300多艘战船到达了南澳岛不远处的海面上，接着他们和沈舟、傅应嘉率领的水军会合后，俞大猷命人放信号弹，岛上的戚继光等人看到信号弹后下令大家一起围攻吴平集团，然后俞大猷和沈舟命令所有水兵驾驶百艘福船向停在岸边的所有倭船和岛上的吴平集团开炮。
这场战争一直持续到10月5日的凌晨，吴平才率领800人驾驶40艘战船逃离了南澳岛，南澳岛之战中明军一共斩首倭寇的首级1500多颗，烧死和淹死倭寇5000人。
后来俞大猷命汤克宽率领水军去追击，嘉靖45年（公元1566年）初，吴平率领残部逃到了今天越南境内的万桥山澳上，最后吴平残部被汤克宽率领的水军全歼，吴平跳海自杀，自此从元朝开始的倭寇之患终于被基本解决。不久，宗擎和普从和俞大猷、戚继光、月满等人告别就回到了嵩山少林寺，回到少林寺后宗擎和普从把俞家棍法教给其他的少林武僧。
南澳岛之战结束后戚继光收到了一条消息，曾经的上司胡宗宪已于11月25日在狱中饮刀自尽的消息。原来在嘉靖41年(公元1562年)11月7日，胡宗宪遭到了南京户科给事中陆凤仪的弹劾后，12月27日胡宗宪被押送到北京关进了大牢，不久，嘉靖皇帝念他抗倭有功，对胡宗宪网开一面命人把他放出了大牢，嘉靖42年（公元1563年）春天，胡宗宪回到了家乡南直隶徽州府绩溪县（今安徽省宣城市绩溪县）。嘉靖44年（公元1565年）3月24日，严世蕃和同党罗龙文一起被斩首后直隶巡按御史王汝正在奉命对罗龙文的家中进行抄家时发现了一封信，信是胡宗宪写给罗龙文的，这封信是几年前写的，几年前胡宗宪就遭到过一次弹劾，于是胡宗宪写信给罗龙文，让他在严世蕃面前替自己美言几句。王汝正就把这封信呈给了嘉靖皇帝，嘉靖皇帝看见这封信后大怒下旨命人去绩溪县把胡宗宪押到北京。10月23日，胡宗宪再一次被押送到北京，并关进了大牢后，11月25日，胡宗宪觉得自己的人生走到了尽头，于是就在狱中的墙上写下了“宝剑埋冤狱，忠魂绕白云”的诗句后饮刀自尽了，时年54岁，一代抗倭名臣就这样结束了自己的一生。隆庆6年（公元1572年），朝廷为胡宗宪平反昭雪。万历17年（公元1589年），被追谥为襄懋。
胡宗宪的一生都献给了抗倭大业，戚继光为胡宗宪最后却落得这样的下场而感到惋惜，戚继光决定要继承胡宗宪的遗志，完成胡宗宪未尽的事业。这次受到胡宗宪牵连的人有卢镗和徐渭等人，卢镗先是被押到京城关进大牢，后来又被免罪遣回家乡处州卫（今浙江省丽水市莲都区），万历5年（公元1577年），卢镗在家中病逝，享年73岁。徐渭于嘉靖45年（公元1566年）间被押送到京城关进大牢，万历元年（公元1573年）间，徐渭才被放出大牢，万历5年（公元1577年）间，他经戚继光推荐，辽东总兵李成梁聘请徐渭为宾师，并且李成梁的长子李如松、次子李如柏还跟随徐渭学习兵法。
胡宗宪生前曾经请幕僚、著名军事地理学家郑若曾等人编写中国第一部海防图集《筹海图编》，嘉靖41年（公元1562年），《筹海图编》刊刻问世，在众多的海防地图中，《筹海图编》是最为权威的，正是在这本书中钓鱼岛被明确标注在中国版图。
南澳岛之战后俞大猷因为曾招降过吴平海盗集团遭到了弹劾福建和广东一些官员的弹劾，所以他被撤掉了广东总兵的职务，回家乡闲住，但是广东境内的河源和翁源等地区爆发了农民暴动，于是兵部右侍郎兼提督两广吴桂芳上奏朝廷，让朝廷准许俞大猷戴罪立功，朝廷方面批准吴桂芳的奏章同意让俞大猷戴罪立功，嘉靖45年（公元1566年）9月，俞大猷担任广西总兵。俞大猷遭到弹劾后不久，汪道昆也遭到朝廷里一些言官的弹劾，就被免去了福建巡抚的职务，汪道昆也就离开福州，前往浙江杭州居住。
嘉靖45年12月14日（公元1567年1月23日），嘉靖皇帝朱厚熜在乾清宫内去世，享年60岁，庙号世宗，嘉靖皇帝被安葬于北京昌平（今北京市昌平区）的永陵。嘉靖皇帝去世后三子、裕王朱载坖（公元1537～1572年）继位，是为明穆宗，这位就是历史上著名的隆庆皇帝。朱载坖登基后重用徐阶、高拱、陈以勤、张居正等名臣，并且用人不疑，同时他在位期间国运中兴，社会比较稳定，史称“隆庆新政”。
隆庆年间，徐阶继续担任内阁首辅，后来向隆庆皇帝上疏请求告老还乡，隆庆皇帝同意后徐阶回到家乡南直隶松江府华亭县（今上海市松江区）。万历11年（公元1583年）6月7日，徐阶在家中病逝，享年81岁。
隆庆元年（公元1567年），隆庆皇帝下旨废除海禁，并允许民间私人远贩东西二洋，史称“隆庆开关”，但是为了防范倭寇，朝廷就强调对日本的贸易仍然要禁止，所以在从隆庆年间一直到明朝灭亡前还是有一些倭寇军队侵扰中国的沿海地区，但是入侵的规模已经变小。
同年，吴桂芳改任南京兵部左侍郎，朝廷任命谭纶担任两广总督兼广西巡抚，张居正以裕王府旧臣的身份，被隆庆皇帝提拔为吏部左侍郎兼东阁大学士，进入内阁，参与协助处理朝廷政事。4月，张居正又被任命为礼部尚书兼武英殿大学士。张居正进入内阁后向皇帝举荐戚继光和谭纶、俞大猷到北方上任，抗击俺答、鞑靼等部落，但是朝廷的一些言官们对南北方情况不同提出反对意见，并且俞大猷此时仍然遭到弹劾，所以朝廷只同意谭纶和戚继光赴北方上任，隆庆皇帝就下旨任命谭纶担任蓟辽总督，戚继光担任神机营副将，并命戚继光来京。圣旨下达后，11月间，戚继光就离开了抗倭战场，离开前戚继光向前来送行的好友俞大猷、谭纶、傅应嘉、欧阳模等人，以及和戚家军的一些将士告别后，戚继光就带上小妾沈丹青、陈月蓉、杨月娥，以及弟弟戚继美、部下杨文、金科、义子杨龙等人，由于广东和广西两省境内的农民起义已经基本平息，戚继光等人去北京要经过少林寺，所以月满率领30名少林僧兵和戚继光等人一起离开了福州城，前往北方战场。