遗传在肿瘤的发病中具有重要作用，但也观察到携带同样遗传信息的个体只有部分发病，提示肿瘤的发病机制中，环境因素的暴露同样具有重要作用。也就是说，肿瘤是机体内因（遗传）和外因（环境）交互作用的结果。遗传和环境之间的交互作用是指某些基因的功能突变需要在特定的环境下才表达，即生物学上的相关，可能由于功能突变影响的代谢通路同时依赖于环境提供的底物或传递环境信号转移因子与多态性导致功能的不同。

遗传所致的基因组不稳定可能是肿瘤发生的基础，而环境最终决定肿瘤是否发生。Raof等研究提示，胚胎微环境可降低癌细胞侵袭性。干细胞巢对细胞决定（cell decision）有重要影响。干细胞是分化还是继续保持干细胞状态依赖于干细胞巢的微环境。无论正常体细胞或CSC都有存在的微环境。这个微环境对控制细胞静止、增殖和生存有主要作用。

在一些肿瘤中，癌基因变化诱导炎症微环境，这种炎症微环境进一步促进肿瘤发生。越来越多的证据显示，炎症微环境有促肿瘤发生作用。肿瘤发生后形成局部的肿瘤微环境，这个微环境决定肿瘤克隆的增殖。另外，肿瘤细胞及其表型对微环境的适应也决定了特定表型的存在。

总之，肿瘤起源的许多问题尚无定论。更多的研究似乎倾向于肿瘤起源于胚胎细胞、干细胞和单中心发生，在遗传所致的基因组不稳定基础上突变而来。对肿瘤起源的认识有助于人类最终攻克癌症。