光学系统是口腔手术显微镜的核心部分，包括物镜、目镜和光学附件(如摄像装置)，其功能是将术区肉眼不易分辨的细小结构放大成像，并提供充足光源便于观察。显微镜的光学部分建议使用专用擦镜纸擦拭，对难以清理的污迹可用脱脂棉蘸少许95%以上的乙醇或镜头清洗液擦拭，按从中央到周边的顺序反复进行，直至洁净。擦拭过程中应小心轻柔以免划伤镜面，同时应注意清洗液勿渗入物镜内部损坏镜片。为保持目镜不模糊，可使用专业防雾剂。

显微镜的照明系统，因工作时间不同而使用寿命不同。每次开关机时应将照明系统开关关闭或亮度调至最小，以避免突然的高压冲击损坏光源。使用时先打开总电源，再打开显微镜的工作开关。当显微镜上指示灯亮时，再调节光度调位钮以达到术者要求的亮度为宜。使用后将调位钮调至“0”位，先关闭显微镜开关，再关闭总电源。