第一阶段
伯罗奔尼撒战争的起因当然是雅典与斯巴达的争霸，具体的导火索则是公元前433年，属于伯罗奔尼撒同盟的大城邦科林斯与本是其殖民地的克基拉发生了纠纷，科林斯想用武力压服克基拉，但雅典公开支持克基拉，同样用武力压迫科林斯，要求其退兵。科林斯向所属的伯罗奔尼撒同盟求援，当然也获得了援助。到第二年，公元前432年，伯罗奔尼撒同盟与雅典领导的提洛同盟之间已经公开决裂，用武力相威胁，战争迫在眉睫。
又次年，年初，属于伯罗奔尼撒同盟的底比斯人与属于提洛同盟且是雅典最忠诚的盟邦的普拉太亚人之间又有了纷争。斯巴达人主动出击，派出强大的军队集结于半岛北部的科林斯地峡。据说事前还派了一名使者去雅典，但雅典人将其拒之门外，使者是一个有智慧的人，见此情景，不由感叹道：“今天将是希腊大难临头之始。”
此后，斯巴达正式向雅典宣战，并将大军开过地峡，往地峡之北的阿提卡半岛扑去。这是公元前431年的事，标志着伯罗奔尼撒战争的正式开始。
此役斯巴达人及其盟友动用了大部分兵力，有步骑兵约3万余人，这在当时的希腊已经是一个巨大的数字了，即使面对波斯大军也未曾如此。
我们知道，当时的希腊是城邦制，所谓城邦就是一座座的小城市，基本上一座小城市就是一个城邦，城邦外面则是乡村，一般城邦的公民总数不过万人，有两三万就是大城邦了。斯巴达的战略就是在陆地上打垮敌人，具体地说就是先摧毁城邦没有城墙防卫的乡村，然后逼迫城邦投降。于是斯巴达大军所到之处，大批乡村被毁，农民们只能逃入城中避难。
伯利克里深知无力在陆上与强悍无比的斯巴达大军对抗，只能顺应时势，开门接纳公民们入城，尽量帮助他们在城中安居，并加固城墙，准备抵抗斯巴达人的进攻。
同时，他派出强大的舰队，沿着伯罗奔尼撒半岛的海岸航行，一遇到防卫不强的城邦就打上岸去，像斯巴达人一样进行破坏，以图摧毁敌人的后方基地。
另外，斯巴达人居民结构有一个特点，就是分成三个截然不同的阶级：希洛人、裴里欧齐、斯巴达人，裴里欧齐是自由民，他们自耕自作，不是奴隶，但也没有政治权利、不能做官。斯巴达人则是斯巴达的主人。他们是奴隶主，占有几乎所有的土地，享有所有政治权利。并且斯巴达人极其鄙视生产劳动，甚至用法律来禁止斯巴达人干活。他们终生只有一个工作——战争。希洛人占了总人口的一大部分。他们是原来生活在伯罗奔尼撒一带的自由的人民，由于被斯巴达人征服，成为了奴隶。他们要替斯巴达人耕种土地，供养主人。但他们的生活却相当优裕而且自由。平时主人绝不会去地里监工，用鞭子逼他们干活。他们每年只要将相当有限、数量固定的一部分收获交给主人，其余的全归自己。所以他们都有相当数量的私有财产，主人也绝不会肆意勒索他们。不过他们也有危险，由于希洛人生活好，养得起孩子，他们的人口往往比斯巴达人增长得还快。他们痛恨奴隶的生活，一有机会就起来造反。为了削弱希洛人，斯巴达人每年都会向希洛人搞一次“宣战”，就是随意杀害看上去强壮或者聪明的希洛人。于是，雅典便派人到了希洛人那里，鼓动他们起来反抗斯巴达人。
不止如此，伯利克里还获得了重要的外援，就是与希腊北部相当强大的色雷斯人和马其顿人建立了同盟。
伯利克里的战略无疑是十分高明的，加上雅典有着斯巴达人望尘莫及的巨大财富，倘若战争能够这样平衡地进行下去，雅典人是很可能取得优势甚至胜利的。
然而，一场天灾降临了。
公元前430年，斯巴达再次派大军攻入阿提卡半岛，大批人再次涌入雅典城避难，由于城中集聚了太多的人口，卫生工作很难得到足够的保障，这时正值炎热的夏天，蚊子苍蝇成堆，终于使雅典爆发了可怕的瘟疫，大批人像苍蝇一样死去。即使活着的人也因为恐惧而失去了战斗的意志。而他们又出不了城，因为城外已经被斯巴达人摧毁得残破不堪。
面对如此天灾，伯利克里倒还镇定，他只能在海上战斗，于是派出了强大的舰队，在伯罗奔尼撒半岛沿海一带展开攻击，还派遣了一支军队北伐属于色雷斯人的一部分、却与斯巴达人结盟的卡尔西斯人和波提狄亚人，伟大的哲学家苏格拉底就参加了这场战斗。
据说苏格拉底一共参加了伯罗奔尼撒战争中的三次战役，哲学家黑格尔是这样记载的：
在这几次战役中，他不仅获得了勇敢战士的荣誉，而且最漂亮不过的是他还获得了拯救其他公民生命的功绩。第一次，是在色雷斯的波提代亚长期被围。……在这个战役的一次战斗中，他看见阿尔其比亚德在一群敌人中间受了伤，他于是杀开一条血路，带着他冲出来，终于救出了他和他的武器。将军们为此颁发了一个花冠给他，作为对最勇敢的人的奖励；苏格拉底没有接受，并坚持这应该给阿尔其比亚德。……在波奥底亚他参加了另一次战役，雅典人占领着一个离海不远的小城堡德利欧，在这里他们吃了一次不太大的败仗。苏格拉底在这里救了他的另一个得意门生克塞诺封；他看见克塞诺封受了伤倒在地上，马也丢了，正在想要逃走。苏格拉底把他背起来，非常从容不迫地抵御着追击的敌人，把他救出。最后他在斯特吕摩尼亚海湾附近埃多尼的安费波利参加了他的最末一次战役。2
上面所说的阿尔其比亚德是苏格拉底最心爱的学生，也是雅典甚至整个古希腊历史上的著名人物，不过也是一个反面人物，他极其聪明俊秀，拥有超人的天赋，后来成为了雅典的将军，但他天性轻浮且不负责任，正是他的所为将最终导致雅典走向失败。
这是后话，我们先来看战争。
另一场大战发生在爱琴海海上。
这时候的斯巴达人经过努力，已经拥有了相当强大的舰队，他们想在海上同样打败雅典人，这当然正中雅典人的下怀。是时雅典海军的统帅是福密俄，他率领舰队将伯罗奔尼撒同盟舰队逼到了培特利和埃维那斯河口之间的水域。为了防卫，伯罗奔尼撤人将舰队分成两层，外面一层是重型大舰，船头向外，列成紧密的圆圈队形进行防卫，内圈则是轻型舰只，中心还有5条装备精良的快船。
福密俄对这样布局的缺点了然于胸，他将自己的舰队呈纵线排列，围绕着敌方的舰队行进，装出随时要大举进攻的态势，伯罗奔尼撒人的舰队为了防卫，只得不停收缩。经过一整夜这样的佯攻，到了第二天黎明，伯罗奔尼撒人的舰队已经在海面上挤成了一堆。这时候一阵强风吹来，雅典人乘机发动真正的进攻，伯罗奔尼撒舰队立刻秩序大乱，各船之间不再互相呼应，而是乱成一团，只能各自为战，甚至相互碰撞受伤。不久其海军统帅所乘的大船也被击沉了，其他军舰争相逃命，结果雅典人大胜，俘获了12艘军舰以及大批水手。
但斯巴达人的海军依然有着强大的力量，不久就再次集结，两军在爱琴海上再次对峙。几天之后的这一战更有意思。本来，伯罗奔尼撒人已经按计划将雅典人的不少军舰引进了一个狭窄的小海湾，可以一举歼灭之，但由于他们在追击敌人时自己打乱了队形，被雅典人击沉了一艘，立马军心大乱，再次失败，又被俘了6条船。
这样算来，公元前430年可以说是各有胜负。然而厄运再一次降临到了雅典人头上——他们的伟大领袖伯利克里被瘟疫夺去了生命，这是公元前429年的事。
雅典人再次受到沉重打击，但战争仍在进行。
到了公元前427年，斯巴达人又用上了老办法，进军阿提卡半岛，雅典人当然也只能用老办法对抗，将公民们撤进了城里。这次又是一样，由于雅典人的坚壁清野，斯巴达的大军只能随军携带粮食，粮尽时就退兵了。
到了公元前425年，斯巴达人再次蹂躏了阿提卡，雅典人又出动了海军，这时候雅典海军的统帅是狄摩西尼，他想到了一个妙计，就是要在伯罗奔尼撒半岛的西南海岸上，也就是麦西尼亚湾的派罗斯建立一个一面筑有防御工事，另一面靠海的永久性基地，这无异于在斯巴达人的后背插了一把尖刀，他还极力鼓动那些并不愿意屈从于斯巴达统治的当地居民起来反抗。这对斯巴达当然是极大的威胁，于是，斯巴达人一等雅典海军离开，就派了约400名士兵乘船从皮洛斯靠海且没有防御城墙的地方登陆，但这时候雅典海军突然返回，这几百名孤军全部被俘。这对斯巴达人是莫大的失败与耻辱，所以他们一度向雅典建议休战，但遭雅典人的拒绝。
到了公元前424年，主要战争地移到了希腊北部，这时候斯巴达人的统帅是布拉西达斯，他在这年夺取了爱琴海北部的重要港口安菲波利斯，这对雅典人是一个相当重大的损失，因为这里盛产造船所需的木材，而且是雅典的一个重要盟邦。这时候雅典军的主将就是修昔底德，由于没有保住安菲波利斯，他遭到了雅典人的放逐。
不过这对修昔底德并不是坏事，此后，不再是将军的他写下了一部著作，就是著名的《伯罗奔尼撒战争史》，直至今天依然是对该次战争最好最重要的记录。
两年之后，公元前422年，打败了修昔底德的布拉西达斯在保卫安菲波利斯而与这时候雅典人的统帅克里昂的战斗中阵亡，不过克里昂同样死于是役。
安菲波利斯之役中，斯巴达与雅典的统帅都战死了，双方也看到了短时间内不可能打败对方，于是决定停战议和。结果，在斯巴达国王普雷斯托安那克斯与雅典将军尼西阿斯的努力下，取得了成功。大致的内容是双方同意将在这次战争中取得的对方的土地归还原主——这是雅典人最想要的，并交换战俘——这是斯巴达人最想要的。这就是著名的《尼西阿斯和约》了。这是公元前421年的事。