秦王本就恼怒嫪毐设计害死成蛟，此刻又率军反叛，气愤异常！变命昌文君韩启从严审判嫪毐。韩启知道这是一个烫手的山芋，本想明哲保身，推脱不了解案情，恐难以胜任，不想却遭到了秦王严厉的训斥，见识了亲政的秦王的气魄，韩启不敢再推脱，只得硬着头皮接手审判的事。
此时嫪毐虽然是俎上之肉，但是吕不韦却无法高兴起来。
吕不韦的长子在叛乱中被乱军杀死，房屋全毁，吕府也一片狼藉；如今嫪毐又被活捉，对嫪毐的审判难免会引出自己，这也是他最不愿意看到的。
从心底来说吕不韦并不希望嫪毐武力反叛，他本来的计划是依靠秦王一点点削减嫪毐手中的实权，若嫪毐武力叛乱，无论输赢都是两败俱伤。本来是他吕不韦最希望嫪毐倒台，但现在秦王要审判嫪毐了，吕不韦却害怕起来，他和他的门客都选择了沉默，始终没有告发一件事情。
御史们却不会闲着，先是告发嫪毐目无法纪，擅自僭越礼仪，结党营私，后来又揭露嫪毐与赵太后私通的丑事，包括两个私生子也被找出来送到秦王面前。秦王大怒，当众赐死了嫪毐的两个私生子！赵太后虽然苦苦哀求，秦王仍然没有收回成命。
随着案情审判的深入，韩启得知嫪毐进宫本是吕不韦一手策划，吕不韦这么做当然不可能仅仅是为了讨赵太后欢心，这样讨好的风险太大，极有可能是赵太后指使吕不韦所为。想通这一点，韩启明白为什么吕不韦自始至终保持沉默了。
但是即使知道了真相，这仍然是一桩棘手的案子，要不要对吕不韦判刑，如何判，韩启都无法做主，他私下报告给秦王。
秦王问李斯，该如何审判吕不韦，李斯道：“从法的角度来讲，吕不韦是奉太后之命行事，虽所行之事有不当的地方，却也不能说他是错的，以此治罪恐难以服众。此外，如果此时加罪就更加彰显了太后的过失。”
“那依先生之言是赦免了？”
“不然，吕不韦身为相国，嫪毐发动兵变，他却不能提前查知，此罪一也；兵变发生后，他没有及时处置，直至惊扰王上才发兵平叛，此罪二也！”
“寡人本以为先生曾做过吕不韦的门客就会为他开脱，没想到先生竟如此以社稷为重！实在是大秦之福啊！”秦王对李斯越来越满意，亲政后正是用人之际，秦王想趁机提拔他。
“大王谬赞了，我一心都是为大王着想，罢黜吕不韦实乃为大王亲政扫平道路，吕不韦在朝十余年，朝堂官吏不委身于嫪毐，就委身于吕不韦，如今嫪毐势力已被铲除，吕不韦的势力也不应该继续存在下去了。”李斯心中明白，若要自己出人头地，就必须把吕不韦赶出朝廷，一山不容二虎！这是等了多少年才等来的机会，怎么能轻易放弃。
秦王同意李斯的建议，但是他也明白，自己刚刚亲政，根基不稳，吕不韦树大根深，立刻处置吕不韦可能引起动荡，因此只是在朝会上斥责了吕不韦不能明察秋毫，防患未然，导致嫪毐叛乱的发生。
然而仅仅是斥责，便有很多人为吕不韦奔走，到秦王宫中为其说情，道相国实是有功之人，不该被训斥。前来说情的人越多，秦王对吕不韦的戒心就越重，现在足以看出吕不韦的权势有多大。秦王暗暗心惊，但表面上仍然不动声色，冷冷的看着吕不韦和他门客的表演。
嫪毐的案情查清以后，秦王下令车裂嫪毐，灭其三族！参与叛乱的卫尉竭、内史肆、佐弋竭、中大夫令齐等二十人也全部被处死，他们的首级被悬挂在咸阳城门上；嫪毐的门客，根据罪责轻重分别判刑，削除爵位迁徙蜀地的有四千多家，这个月天寒地冻，被冻死的不计其数。
对于赵太后的处置一直拖了三个月。作为秦王的生母，又是辅政的太后，她的所作所为让秦王最是恼火，可以说嫪毐的反叛是赵太后纵容的结果。
秦王下令将赵太后逐出咸阳，迁居雍城，母子永世不再相见！赵太后痛哭流涕，苦苦哀求，道：“嫪毐反叛并不是我的本意，诛杀吕不韦也是我一时冲动的选择，当我得知他要骚扰王宫时，才意识到问题的严重性，我就迅速通知你了，请大王念在母子多年情深的份上网开一面！”
秦王到现在仍然无法忍受自己的母后与人私通生子的丑事，便道：“这都是对母后冲动的惩罚，您就用下半生在雍城好好反省吧！”
赵太后被驱逐出咸阳后，很多人都来为她求情，认为秦王的做法不合人伦。秦王一是恼怒赵太后联合嫪毐陷害成蛟，陷自己于不仁，二是愤恨赵太后与嫪毐私通生下孩子，陷自己于不义，因此对前来为太后说情的人全部处死！前后杀了二十七人！秦王发布命令，道：“有再敢为太后求情者，砍掉手脚，立即处死！”
一时间，没有人再敢进谏。
这时，在秦为客卿的茅焦求见。秦王心道，莫不又是来为太后求情的？便派使者警告他，“你可知道凡是进谏关于赦免太后的人都被杀了？”
茅焦道：“臣当然知道！而且我还知道大王已经下令，再有求情的人，一概砍掉手足，立即处死！”
秦王听到答复后，以为不是来为太后求情的，便接见了他。进到朝堂，茅焦自报家门：“臣茅焦，出身齐国，今天为太后之事前来劝说大王！”
秦王一惊，道：“你难道不怕死吗？”
茅焦答道：“我听说天上有二十八星宿，如今大王已经处死了二十七个，我来就是要凑够二十八之数，我不怕死！”
秦王大怒道：“这小子是故意来违背我命令的，来人！赶快准备一口大锅，我要煮了他。”
茅焦道：“我听说，长寿的人不忌讳谈论死亡，国君不忌讳研究国家灭亡。人的寿命不会因为忌讳死亡而长久，国家也不会因为忌讳亡国而保存。人的生死，国家的存亡，都是开明的君主最希望研究的，请大王听我讲完再杀我也不迟！”
此时秦王对这个胆大妄为的书生产生了一丝好奇之心，便问道：“好，你尽管把话说完，也好让你死的明白！”
茅焦道：“忠臣不讲阿谀奉承的话，明君不做违背世俗的事。如今，大王却有极其荒唐的作为，我如果不对大王讲明白，就是辜负了大王。
天下之所以尊敬秦国，不仅仅是因为秦国的力量强大，还因为大王是英明的君主，深得人心。现在，大王车裂假父，是为不仁；杀死两个弟弟，是为不友；将母亲软禁在外，是为不孝；杀害进献忠言的大臣，是夏桀、商纣的作为。如此的品德，如何让天下人信服呢？
天下人如果知道大王有这样的作为，肯定不会再心向秦国了。我实在是为秦国担忧，为大王担心啊……我的话说完了，大王请行刑吧！”
说完这番话，茅焦便解开衣服，走出大殿，伏在殿下等待受刑。
秦王政听了茅焦这番话之后，极为震动，茅焦说的是有道理，如今自己刚刚成为国君，就失去了天下人心，以后何谈统一大业？于是，他亲自走下大殿，扶起茅焦，道：“先生之言甚是，寡人愿意改过，听从先生教诲！”
茅焦进一步劝谏说：“以前来劝谏大王的，都是些忠臣，希望大王厚葬他们，别寒了天下忠臣的心。秦国正图一统天下，大王更不能有迁徙母后的恶名。”
秦王道：“以前的人，都是来指责我的。没有一个讲明事关天下统一的道理。先生的话让我茅塞顿开，哪里有不听的道理？”
于是，秦王采纳了茅焦的建议，厚葬被杀死的人，又亲自率领车队，前往雍地把太后接回咸阳，母子关系得以恢复。
没过多久，秦王便将茅焦引入朝堂，拜为上卿。
秦王亲政后，欲增加自己在军中的威望，于是在数月之内，先后拜王翦、杨端和、桓琦为将军，同时又提拔了一批年轻的将领担任要职。
随着秦王对朝政和军队控制的日益加深，罢黜吕不韦的条件已经成熟。但此时吕不韦却没有觉察到，他自认为秦王对自己的处置就是训斥而已，他已经派出大量说客到秦王面前为自己说情，相信事情一旦过去，他仍然可以恢复往日的权势。
因此在被秦王训斥之后，吕不韦依然排场甚大，他修葺了惨遭嫪毐破坏的府邸，规模比以前更加宏大，前来拜访的人也依旧络绎不绝，门庭若市。甚至很多达官显贵也要来巴结。这一切秦王都看在眼中，心里更加厌恶吕不韦。
某日，太常来报，彗星先出现在西方，接着又出现在北方，并跟随北斗向南移动了八十天，这意味着相位变动，当更换相国。
于是秦王下令免去吕不韦的相国职务，由昌平君熊状接任相国之职。其实这一切都是李斯所谋，他掌管太常，又知道秦王相信天命，便令太常向秦王如此奏报，以坚定秦王罢黜吕不韦的决心。
吕不韦一朝被罢官，便通过各种手段对年轻的秦王施压，派出门客故吏为他说情，说客们来到王宫，对秦王说道：“吕相国贵为仲父，为国操劳十多年，立下无数战功，不该被罢黜。”
“此事是上天的旨意，寡人也没有办法，只能暂时委屈相国了！”秦王只能这样安慰。
“如此，请大王尽快回复吕相国的相位，大秦不能没有他。”说客们仍然不依不饶。
一个月后，秦王仍然没有恢复吕不韦的相位，为吕不韦求情的人也越来越多，秦王感到前所未有的压力，看架势只怕不恢复吕不韦的相位朝廷便无法运作，便向李斯询问意见，道：“如今为吕不韦求情的人越来越多，该怎么处理？”
李斯进言道：“越多人为他求情，越能说明他平时利用大王的封赏收买了很多人，这些人都只知道有吕不韦，而不知道有大王。吕不韦本是一介布衣，若不是先王器重，他怎么可能有今日？大秦现在拥有的一切并非因他所得，相反，他的一切都是大秦所赐！大王如今富有四海，安能为一布衣所左右！一切依法行事，则天下之人，无不畏惧！”
秦王觉得李斯言之有理，他逐渐认识到自己手中的权力是多么强大，普天之下莫非王土，率土之滨，莫非王臣，只要他坚定要做的事情是没有人可以阻挡的。于是下令，再有为吕不韦求情的一概不接见。
通过这件事，秦王也认识到吕不韦的门客只是为吕不韦服务的，唯吕不韦之命是从，根本没有把他这个秦王放在眼中。从此刻开始秦王把吕不韦的门客也视为敌对势力。
吕不韦眼见无法起复，便暂时回到了封地洛阳。仰慕他的人也不远万里前往拜会，虽然吕不韦被罢官，相比以前，吕府门前却更加热闹！
东方各诸侯国得到秦王亲政处死嫪毐，罢黜吕不韦的消息，反应各不相同。
齐王、赵王、韩王都认为秦王处事果敢，因此都派出使者来庆祝秦王亲政，这是亲政后第一件让秦王感到有面子的事情，秦王甚为高兴，摆酒设筵款待！
楚王和魏王却觉得秦王嫉贤妒能，竟然罢黜了具有栋梁之才的吕不韦，心道，如此人才，你秦国不用，我们来用！于是争相派出使者邀请吕不韦到本国为相！唯恐被他人捷足先登了。吕不韦对此也十分得意，热情的招待了使者，每日与宾客宴饮。
吕不韦并没有认识到这诸侯国派来的使者分明就是催命鬼！
不仅如此，吕不韦还有大量的门生故吏在咸阳为官，他对咸阳的动态也了如指掌，仍然有很多人都跑来向他求官，他也总会热情的指点。
这一切当然都逃不过秦王的眼睛，在秦王看来，吕不韦已经成为秦国的一大威胁，一旦他东去六国为相，那秦国的很多机密将不再是秘密。秦王自始至终都在派人暗中观察吕不韦和他的门客，如今的情形让秦王更加担忧，无论是吕不韦去六国为相还是谋反，都对秦国极为不利。
此时李斯也得到了吕不韦在洛阳受到六国邀请的消息，便拜见秦王道：“吕不韦居住洛阳，与六国相邻，一旦有变我们将无法应变。”李斯是指吕不韦可能会与六国合伙谋秦。
秦王亦是万分担忧，道：“以卿之见，当如何处置？”
“不若迁至蜀地，以绝诸侯之念！”
秦王认为可行，便赐给吕不韦一封信，信中写道：“你对秦国有什么功劳？秦国把你封在河南，食邑十万户；你跟秦国有什么亲戚？竟然被称为仲父！不觉得羞耻吗？你还是跟家人一起迁到蜀地去吧！”
吕不韦接到诏书，万念俱灰，他现在才明白秦王对自己的恐惧和愤怒已经到了如此地步，甚至超过了刚被处死的嫪毐，他害怕迁到蜀地后会进一步遭到贬黜，最后像嫪毐一样被诛三族，他思索良久，决定自杀，以求保全家人。当晚他便喝下酖酒自杀而死。
由于吕不韦是自杀而死，因此无法举行国葬，他的门客便收敛了他的遗体，私自组织吊丧，并为吕不韦举行了埋葬仪式。
吕不韦自杀的消息传到咸阳，秦王总算松了一口气，但是他仍然担心吕不韦的门客会为吕不韦鸣不平，引发叛乱，因此凡是吕不韦的门客不论参加吊丧与否一律流放。如果是韩、赵、魏三国的人，一律驱逐出境；如果是秦国人，俸禄在六百石以上的削去爵位，流放到房陵；俸禄在五百石以下，没有参加吊丧的，也流放到房陵，但不剥夺爵位。
同时发布命令，“有再敢擅权之人，嫪毐、吕不韦就是他们的先例！”
处理完吕不韦的门客，秦王觉得嫪毐的威胁已经没有了，国家又是用人之际，便赦免了迁徙到蜀地的嫪毐门客，让他们都回到了京城。
吕不韦从一个商人通过运作终成天下第一强国的相国，在位十三年，可谓少有的精明之人。但是他功成名就后却不知道收敛，最终善始而难善终！