《本草经集注》的文献学特色
《本草经》流传至齐梁时代，版本繁多，内容芜杂，据陶弘景说：“魏晋以来，吴普、李当之等，更复损益，或五百九十五，或四百三十一，或三百一十九，或三品混糅，冷热舛错，草石不分，虫兽无辨。且所主疗，互有多少。”（《本草经集注·序录》）不仅如此，“本草之书，历代久远，既靡师授，又无注训，传写之人，遗误相系，字义残阙，莫之是正”。（《药总诀·序》）针对以上情况，陶弘景乃“苞综诸经，研括烦省，以《神农本经》三品，今三百六十五为主，又进名医副品，亦三百六十五，合七百三十种。精粗皆取，无复遗落，分别科条，区畛物类，兼注铭世用土地所出，及仙经道术所须”，撰成《集注》七卷
。
《集注》在文献学上颇有特色。所谓“集注”，集诸家注解于一书的意思。颜师古《汉书叙例》说：“《汉书》旧无注解，唯服虔、应劭等各为音义，自别施行。至典午中朝，爰有晋灼，集为一部，凡四十卷，又颇以意增益，时辩前人当否，号曰《汉书集注》。”这大约是“集注”体例的滥觞，但《汉书集注》早已失传，陶弘景的《本草经集注》则是此类著作存世年代最早者。
吐鲁番出土《本草经集注》残片（德国普鲁士学院藏）
《集注》由三部分构成：《本草经》原文使用朱书大字，魏晋以来名医们增补的内容为墨书大字，陶弘景自己的意见被称为“子注”，为墨书小字。其中墨书大字部分被称为“别录”，《新唐书·于志宁传》解释说：“别录者，魏晋以来吴普、李当之所记，言其花叶形色，佐使相须。附经为说，故弘景合而录之。”1935年吐鲁番出土朱墨分书的《集注》残片，其中燕屎、天鼠屎两条相对完整。以天鼠屎为例，红笔所书《本草经》文：“天鼠屎，味辛，寒。主治面痈肿，皮肤洗洗时痛，腹中血气；破寒热积聚，除惊悸。一名鼠沽，一名石肝。生合浦山谷。”皆连贯可读。而墨书大字：“无毒；去面黑皯；十月、十二月取”，穿插在朱书大字中，不能独立成篇，此即“附经为说”的实物标本。后世将此墨书大字视为著录于《隋书·经籍志》中的《名医别录》，如《通志·校雠略》云：“《名医别录》虽亡，陶隐居已收入本草。”恐未必确切。