月经失调可表现为各种不同疾病或综合征并导致不孕不育，各种疾病或综合征都有它自己的病因病理特点，却又存在着共同的病因病理基础，这里指的主要是功能性月经失调疾病及其不孕不育症。

中医学认为，“邪之所凑，其气必虚”（《素问·评热病论》），月经失调的发生和发展，除外来致病因素外，也必然有其特殊的内因根据，陈自明说：“妇人月水不调，由风邪（注：泛指各种外来致病因素）乘虚客于胞中，而伤冲任之脉。”（《妇人良方》）徐灵胎说：“冲任二脉……此皆血之所从生，而胞之所由系。明于冲任之故，则本源洞悉，而复所生之病，千条万绪，可以测知其所从起。”（《医学源流论·妇科论》）这充分论证了冲任二脉失常是妇科病，尤其是月经失调的病理变化的主要关键，是导致月经失调的内因根据。情志变化、多产小产、房事过度、饮食不节、营养不良、病后失养、外感六淫（以寒、热、湿为主）、环境改变、药物所伤等因素，皆可通过脏腑功能失常、气血失调，导致冲任虚损，从而产生月经失调。故冲任虚损或“肾（心）-天癸-冲任-胞宫”功能失调是发病的主要原因，而上述外来因素则起诱发作用。由此而产生的脏腑功能失常，气血失调，直至冲任损伤，为月经失调的病理机转所在。所以治疗月经失调时，除祛除外因外，必须重视发病的内因根据，即要充分注意调理“冲任”奇经。

西医学的病因病理学认为，任何机体内外因素均可以通过大脑皮质（类似中医学的脑及心、肝、肾、脾等的部分生理功能），干扰下丘脑-垂体-卵巢之间（类似于肾-冲任的相互关系）的反馈性调节作用，或致使下丘脑-自主神经系统和卵巢（类似心、肝、脾-冲任的相互关系）的调节失常，突出表现于卵巢排卵和内分泌功能（相当于冲任的作用）的失调，或影响子宫（胞宫）内膜，从而产生相应的月经失调症状或导致不孕不育。其中下丘脑-垂体-卵巢功能的失调起主导作用，也是月经失调及其不孕不育的直接病理基础。它们之间任何一个环节发生故障，都可致病。这与中医学所说的肾为冲任之源，又为脏腑阴阳之本，强调肾与冲任的盛衰在月经不调中的重要地位，颇相一致。中医学非常重视整体观念，认为月经失调是整体功能紊乱的表现，脏腑经络气血之间密切相关，因而肝、脾、心等脏腑及全身经络、气血活动的失常，也可形成月经异常，所以临证应以“审证求因”为原则。

以上是功能性月经失调疾病及其不孕不育症的共同的发病机制，亦为“异病同证”及“异病同治”的物质基础。除此以外，月经失调及其不孕不育症各种疾病都还有它各自的病因病理特点及辨证要点。兹简要分述如下。