子午流注针法遵循的理论是《内经》中的卫气循行理论。《灵枢·禁服》中写道：“凡刺之理，经脉为始，营其所行，知其度量，内刺五脏，外刺六府，审察卫气，为百病母”，故《子午流注针经》卷上明确指出：“凡刺之理，经脉为始。经脉者，所以能决死生，处百病，调虚实，不可不通也。夫经气者，内干五脏，而外络支节。其浮气不偱经者，为卫气；精专行于经隧者，为荣气。阴阳相随，外内相贯，如环之无端……凡刺之道，须卫气所在，然后迎随，以明补泻，此之谓也。”上述论述阐述了审察卫气并了解卫气所在的重要性。而流注针法又是怎样去把握这不偱经而行的卫气并了解其所在呢？

《灵枢·卫气行》中说：“岁有十二月，日有十二辰，子午为经，卯酉为纬。天周二十八宿，而一面七星，四七二十八星，房昴为纬，虚张为经。是故房至毕为阳，昴至心为阴，阳主昼，阴主夜。故卫气之行，一日一夜五十周于身，昼日行于阳二十五周，夜行于阴二十五周，周于五藏。是故平旦阴尽，阳气出于目，目张则气上行于头”，随后循足太阳、手太阳、足少阳、手少阳、足阳明、手阳明循行，然后入足心行阴分，“始入于阴，常从足少阴注于肾，肾注于心，心注于肺，肺注于肝，肝注于脾，脾复注于肾为周”，“亦如阳行之二十五周，而复合于目”，“是故日行一舍，人气行一周与十分身之八；日行二舍，人气行三周于身与十分身之六；日行三舍，人气行于身五周与十分身之四……日行十四舍，人气二十五周于身有奇分与十分身之二，阳尽于阴，阴受气矣。”从《灵枢·卫气行》可以看出：卫气循行与天体循行相关，是天地相参之产物，故可以说卫气循行是建立在“天人相应”的理论基础之上的。

大家知道，地球每年绕太阳运行一周，我们就可以在一年不同时期看到太阳在不同的位置，这也是太阳在各星座间由西向东的视运动。由于地球是很平稳的在绕太阳运动，使人觉得地球不动而太阳在星座间移动，一年移动一周，又回到原来的位点，人们把这种太阳在各星座间所绕行的路线，叫做“黄道”。黄道在天球上并无特别明显的标志，古天文学家就以黄道周围的背景星座来表示它的位置。《史记·天官书》将黄道附近环天一周的星座分为“四象”，每象各分七段，每段称为一“宿”，亦称为“舍”，也就是《灵枢·卫气行》所述的“一面七星，四七二十八星”。它们是主春的东方苍龙之象——角、亢、氐、房、心、尾、箕七宿；主秋的西方白虎之象——奎、娄、胃、昴、毕、觜、参七宿；主夏的南方朱雀之象——井、鬼、柳、星、张、翼、轸七宿；主冬的北方玄武之象——斗、牛、女、虚、危、室、壁七宿。因地球本身的自西向东自转不仅造成了昼夜交替，星座亦因地球自转，使人们看上去每时每刻都在自东向西移动，每天转一圈；此外，因地球还绕着太阳公转，看上去太阳还一年内沿黄道自西向东在二十八宿间移动，每年环天一周，所以《灵枢·卫气行》将人体内卫气的循环与太阳这两项视运动现象挂钩，并认为：“卫气之行，一日一夜五十周于身，昼日行于阳二十五周，夜行于阴二十五周，周于五藏”，“是故日行一舍，人气行一周与十分身之八；日行二舍，人气行三周于身与十分身之六……日行十四舍，人气二十五周于身有奇分与十分身之二。”

二十八宿星象略图见图3-1。

对《灵枢·卫气行》中的这些论述，明·张介宾注释曰：“此下言卫气运于之数也，天周二十八舍，而一日一周。人之卫气，昼夜凡行五十周，以五十周为实，而用二十八归除之，则日行一舍，卫气当行一周与十分身之七分八厘五毫有奇，为正数，此言一周与十分身之八者，亦如天行过日一度，而犹有奇分也。”而对《灵枢·卫气行》中“是故房至毕为阳，昴至心为阴，阳主昼，阴主夜”张介宾则注云：“自房至毕，其位在卯辰巳午未申，故属阳而主昼。自昴至尾（多本均尾作心），其位在酉戌亥子丑寅，故属阴而主夜。”对“卫气之行，一日一夜五十周于身”的计算方法，据《灵枢·五十营》《灵枢·脉度》：天周二十八宿，人有上下、左右、前后二十八经脉，有手之六阳、六阴，足之六阳、六阴，两跷脉及督、任两脉。手之六阳，从手至头长五尺，五六三丈；手之六阴，从手至胸三尺五寸，合二丈一尺；足之六阳，从足上至头八尺，八六四丈八尺；足之六阴，从足至胸六尺五寸，合三丈九尺；跷脉从足至目七尺五寸，合一丈五尺；督任两脉各四尺五寸，合九尺。共计十六丈二尺。根据《灵枢·五十营》：人一呼，脉再动，气行三寸；一吸，脉亦再动，气亦行三寸。一呼一吸为一息，气行六寸。气行全身经脉一周十六丈二尺，需二百七十息，滴漏下水需时二刻。一日一夜水下百刻，则需一万三千五百息，气行八百一十丈五十周于身。对此，明代杨继洲在《针灸大成·卷一手足阴阳流注论》中亦可能进行过计算：“自寅时起，一昼夜，人之荣卫，则经五十度周于身，气行一万三千五百息，脉行八百一十丈，运行血气，流通阴阳，昼夜流行，与天同度，终而复始也。”但《子午流注针经》对此尚有一些异议，阎明广认为“荣气之行，常循其经。周身之度，一十六丈二尺，一日一夜行八百一十丈，计五十度，周于身。卫气则不循其经焉。昼则行阳，夜行于阴，行阳者行诸经，行阴者行诸脏。”不过，依阎文广的观点，卫气虽然不循于经，但它与荣气阴阳相随，内外相贯，每一时辰仍可流注木火土金水五穴，每日百刻至少流注六十穴。

对卫气在阳在昼的循行规律，《灵枢·卫气行》除提出卫气“昼日行于阳二十五周”外，对其循行路线与方式亦有阐述：目张气上行于头，后循项下足太阳，循背下至小趾之端，其散者下手太阳；另一散者下足少阳，注小趾次趾之间，并上循手少阳之分，侧下至小指之间；别者上至耳前，注足阳明，下行至跗上，入五趾之间，其散者，从耳下下手阳明，入大指之间，入掌中。其循行路线是：由足、手太阳→足、手少阳→足、手阳明。其特点是在循行足、手太阳时另有散者下循足少阳，由足少阳上循手少阳，别者注足阳明。而卫气在阴在夜的循行为“夜行于阴二十五周，周于五藏。”其循行路线：“常从足少阴注于肾，肾注于心，心注于肺，肺注于肝，肝注于脾，脾复注于肾为周。”即由肾→心→肺→肝→脾→复注于肾。其特点是按五行相克秩序循行。

那么，能不能从卫气循行规律中找出候气而刺的方法呢？《灵枢·卫气行》中黄帝也询问此事：“卫气之在于身也，上下往来不以期，候气而刺之奈何？”《灵枢·卫气行》中对此亦找出了三个方法来力求解决：第一，“分有多少，日有长短，春秋冬夏，各有分理，然后常以平旦为纪，以夜尽为始”，“随日之长短，各以为纪而刺之。”是说天体一周分度有多有少，白昼有长有短，春秋冬夏四季，昼夜长短各有不同，然常常以黎明作标准，因此时为阴阳所交之候，卫气开始行于阳分。第二，谨候气之所在而刺之。病在三阳，必候其气在阳而刺之，病在三阴，必候其气在阴分而刺之，严谨地候时而刺，就可以预料疾病的愈期，未能候时甚至错候时机，就什么病也难以治疗。第三，论述了用漏水计时来推衍候气时机的方法。一日一夜的时间，漏水应下百刻，水滴下一刻时，卫气在手足太阳经；水滴下二刻时，卫气在手足少阳经；水滴下三刻时，卫气在手足阳明经；水滴下四刻时，卫气入足心行阴分，然后，复合于目，上行于头。由于卫气剽悍疾利水滴下五刻时，卫气又在手足太阳经；水滴下六刻时，卫气在手足少阳经；水滴下七刻时，卫气在手足阳明经；水滴下八刻时，卫气再入足心行阴分……水滴下二十五刻，卫气在手足太阳经，这是卫气运行了半个白天的度数，若再行半个白天，则从房星至毕星行了一十四舍，水滴下五十刻。古经《大要》认为：通常是日行在二十八星宿的每个星宿上的时候，卫气必然行在手足太阳经上。日行一舍，卫气就会在三阳经及阴分循行一遍。张介宾对此注曰：“以日行之数，加于宿度之上，则天运人气皆可知矣。”那么，水滴下一刻时的初始时究竟应定在何时，张志聪对此注曰：“随日之长短，皆以卯初一刻，人气在太阳为纪而刺之。”亦就是早晨5点至6点，随太阳刚出来的第一刻开始首刺太阳经。