除了少数特别例外的情况，大多数常见的处方药物在妊娠期相对安全。对于公认的致畸药物，应评估风险收益比，毕竟暴露于一个肯定的致畸因子通常只将妇女生育出生缺陷儿的机会增加1%或2%，而与暴露于药物所造成的治疗风险相比，一些疾病如果不经治疗，对母体和胎儿的危险更加严重。

公认的致畸药物或因素如下：

在孕7～12周之间暴露于外源性性激素（睾酮及蛋白同化甾体、达那唑）可以导致女性胎儿男性化；在孕18周前服用己烯雌酚可影响女性和男性生殖结构的正常发育，女性亦可导致阴道发育不良和癌症。

长期摄入酒精可导致胎儿酒精综合征如生长受限、发育迟缓及明显的面目特征（小颌症、小眼畸形、短鼻等），目前无法确定妊娠期摄入酒精的安全阈值。

卡马西平、苯妥英钠、苯巴比妥、丙戊酸等可导致口面部裂、心脏畸形、神经管缺损、发育迟缓。

孕6～9周暴露于华法林，胎儿可能会患有华法林胚胎病（特征为鼻发育不全、斑点状脊椎和股骨骺等）。

可造成持续的胎儿低血压、低灌注，从而导致胎儿肾缺血、肾小管发育不全以及无尿。

孕早期暴露于异维A酸、阿维A酯（依曲替酯）、维甲酸可导致胎儿头颅、面部、心脏、中枢神经系统和胸腺畸形。

环磷酰胺、甲氨蝶呤或氨甲蝶呤、白消安可导致器官多发性畸形。

海豹肢畸形、自闭症。

可导致莫比乌斯序列症和四肢萎缩。

中枢神经系统、肠道及肾脏损伤。