四、专门法院的本土道路：厘定司法职权专门配置模式
专门法院是司法职权配置的一种独特现象和产物，普通法院司法职权配置依据是法律关系的不同性质，而专门法院司法职权的配置依据是涉案对象的不同种类。以专属管辖为前提和基础，特定类别案件由专门法院（庭）管辖甚至以特别程序进行诉讼的职权配置模式可以被称作司法职权专门配置。
（一）司法职权专门配置的管辖模式
专门管辖与集中管辖可以视为专门法院专属管辖的两种具体方式。专门管辖是专门法院与普通法院之间在案件受理范围上的分工权限划分，由专门法院管辖和审理特定类型的案件。“以大陆法系国家和地区广义的专属管辖概念为划分依据，我国的专门管辖相当于一种事物专属管辖”。[130]而集中管辖是将原来分散由不同法院管辖的案件交由若干特定的法院集中管辖和审理。[131]将两者相结合，充分利用现有专门法院的架构，由最高法院以司法解释的形式将原由不同普通法院管辖的某一类型案件交由特定的专门法院管辖和审理，既能保证最大限度地发挥专门法院跨域、专业的优势，又能将机构扩张可能对司法效率和效益带来的负面影响控制在最小限度内。
（二）司法职权专门配置的组织形式
司法职权专门配置在审判组织形式上有专业合议庭、专业审判庭、专门法院三种选择，前两种形式相对专门化，其专门审判权附设在普通法院之内，可以节约司法成本，提高原有司法设施和司法资源的利用率。
专门法院从审判组织到审判管理都实现了全部专门化。有些学者迷信新设机构的作用，将设立独立的专门法院视为解决一类问题的良方，呼吁建立环境法院、青少年法院、知识产权法院、商事法院等专门法院。过于精细的专业划分、过于草率的专门设置会导致司法资源无法有效配置，司法体制的完整受到伤害。“理论上说，任一具有独特性的事项，都可设立相应的专门法院，如此岂不导致司法的割据？”[132]而实际上从已有的运行效果看，专门法院的法律效果也并非人们估计的那么乐观。
基于平衡专门性与效益性的考虑，合理的方案应当是沿着专业合议庭——专业审判庭——专门法院方向前进。首先是以专业合议庭试行有关特定类型案件的集中审理，随着条件不断成熟，接下来设置专业审判庭，最后经充分论证和检验确有必要的，才立法设置专门法院。知识产权审判的专门化就是这样一条路线，目前全国许多法院已经设立了专门的知识产权庭，而《国家知识产权战略纲要》明确提出要“探索建立知识产权上诉法院”。
还有一个可行的方案是对现有专门法院进行改造，“对于某些森林法院，应该珍惜和保留它们在保护林业生态、湿地生态等方面的传统特色、经验、知识和资源，根据环境、资源、生态保护的需要，将它们改造成为更具有专业特色、行业特色和地域特色的生态法院或环境法院”。[133]例如，因土地资源破坏和污染提起的诉讼，由侵权行为地林业、农垦法院管辖，因水污染和林业资源破坏提起的诉讼，分别由侵权行为地海事法院和林业法院管辖。[134]这样可以理顺体制、整合资源，既满足了特定案件专门审判的需求，充分发挥专门法院跨域管辖和垂直管理的优势，最大程度的排除地方保护主义干扰，而且扩大了受案范围，提高了专门法院的资源配置效益。
（三）司法职权专门配置的诉讼制度
各国在设立专门法院的同时大多通过立法设定与一般法院诉讼制度不同的专门法院诉讼制度和特别程序，比较典型的有美国国际贸易法院的临时禁制令、陪审团程序、诉状修改等特别规定，日本家事法院的调解前置，法国商事法院的商人法官和紧急审理程序，澳大利亚土地与环境法院的专家证人实践指南等。德国等国还为专门法院制定单行特别法。
我国目前在对特定类型案件实行专门化审判的司法实践中总结了一些与普通审判不同的特别经验，如重庆高院设立“环境保护禁止令”制度以及代履行机制；海南、云南等地建立环境公益诉讼专项资金；各地少年法庭和徐州、中山等地家事审判庭的“圆桌审判”；上海法院金融审判庭的专家陪审等。这些实践是构建专门司法制度的重要素材，对行之有效的成熟经验应当通过规范性文件的形式固定下来。
（四）司法职权专门配置的现实运作方式
针对目前专门法院在运作过程中所遭遇的现实问题，同时为保障林业、铁路等专门法院改制的顺畅进行及其良性发展，司法职权专门配置需要在现实运作方式上作出有效应对：
1.以法定形式确立专门法院的特定专属管辖。与国外普遍认为专属管辖与任意管辖并列不同，[135]我国学界主流认为专属管辖与协议管辖对称，[136]这就造成概念上的混乱以及专门管辖性质的模糊，导致司法实践中出现专门管辖案件流失的现象。[137]应当以法律或者司法解释的形式明确专门管辖属于专属管辖，违反专门管辖应属于程序违法事由，可依法撤销原判，指令由专门法院审理。实际上，广东、山东等地高院曾出台文件明确了专门法院管辖的专属管辖性质。[138]这样做的目的在于充分保障专门管辖制度的实施，划清专门法院与普通法院的管辖界限，两者不至泯然混淆而使专门管辖名存实亡。
2.扩大专门法院受案范围。扩大受案范围既是充分发挥专门法院特殊专属管辖优势的需要，也是解决专门法院生存问题，优化司法职权配置，有效提高司法资源效益的必然选择。一是扩大专门法院的受案类型，例如扩大铁路运输法院的授权集中管辖范围，由各省市高院或由高院授权铁路基层法院集中“受理铁路、民航、城市轨道列车、部分内河航运类案件”，并“涵盖那些从铁路企业剥离但仍从事与铁路建设有关的工程、建筑、通信、运输服务、设备制造等企业单位和社会其他单位、个人”。[139]将海事行政案件重新纳入海事法院受案范围。二是将某些特定事项交由现有专门法院管辖。环境资源类案件、行政案件、跨区域重大民商事案件、食品安全类案件等分别纳入专门法院专属管辖，可以充分发挥跨区域管辖和专业化审判的优势，克服地方保护主义的干扰，有利于树立司法权威，提高司法公信力。
3.率先建成法律适用统一机制。专门法院专属管辖案件类型具有相对集中、专业性质相近、数量不多、法官熟练程度高的特征，率先在专门法院建成高标准的法律适用统一机制是有优势的，这也是专门性的必然要求。如前所述，我国专门法院目前的法律适用统一机制在一定程度上还低于全国法院的平均水平，今后应当采取多种方式加速推进。定期召开工作会议，发布会议纪要，颁布专门的指导性案例，制定更为细致的、量化的专项司法解释。