可奇怪的是，尽管巨野事件后来成为人人皆知的大新闻，并直接引发了德国人对胶州湾的武装占领，但关于这个围绕着两个德国传教士无辜死亡事件的前因后果，却一直扑朔迷离。甚至，人们到今天也没有真正弄清楚，行凶者究竟是哪些人。
让我们先还原一个大致的杀人情节。1897年11月1日夜，有十几人进入巨野县城东北10公里的磨盘张庄教堂图谋抢劫，结果杀死了德国神父能方济和韩·理加略。这个不幸事件的两个遇难者，都不是磨盘张庄教堂的神父，他们两人分别在阳谷和郓城一带传教，因要去兖州天主教总堂参加“诸圣瞻礼”，傍晚路过张庄教堂借宿，张庄教堂神父薛田资主让客先，安顿能方济住到了自己的房间，韩·理加略则睡在隔壁屋子。结果，两人都成了侵入者的刀下鬼。
命案发生后，住在教堂守门人小屋里的薛田资侥幸逃脱，仓皇亡命济宁，电告德国驻华大使并转德国政府。
对于能方济和韩·理加略被杀原因，各种说法始终不曾一致。地方政府调查的结果是说“起意行窃”“强盗杀人”，而薛田资认为是有组织的行为。如果是后者，那死去的两人就意外地成了薛田资的替死鬼，更加冤枉。山东按察使毓贤等给巡抚李秉衡的禀文载，参与杀人的有11人，分属巨野、嘉祥等县，平素游荡度日。先是嘉祥县民雷协身探知磨盘张庄教堂存有钱物，遂起意行窃，勾结巨野县民惠二哑巴等10人，于11月1日傍晚在杨家楼村外空地会齐，然后于是夜二更时分各携刀棍潜入教堂。他们的偷盗行动因为惊醒了能方济和韩·理加略两人中的一个，导致他们由窗孔放洋枪，而立刻变得激烈并血腥起来。混乱中逃跑躲藏的惠二哑巴因发现有两个同伙被伤，立时气愤难遏，与雷协身两人砸开窗户再度进屋，打开门放进张高妮等人协助报复。惠二哑巴用刀刺中放枪神父肚腹，雷协身并使棍相胁，如此一番搏杀，两神父旋各殒命。随后，一干人搜劫了财物，分携逃逸。因出逃慌乱，几个人还将一些财物和刀棍抛弃在了路上。
但薛田资却不相信人是雷协身和惠二哑巴杀的，他认为袭击事件是由大刀会预谋的。薛田资在回忆中多次提到大刀会组织并参与了杀人。他说：“大刀会仍在继续活动。他们对洋人的仇恨越来越深，烧毁天主教堂成了他们严厉报复的主要手段。……他们的第一个行动就是谋杀能方济和韩·理加略两位神父。在寂静的1897年11月1日之夜，他们袭击并疯狂至极地谋杀了圣洁的教士。”他指控曹庄大刀会首领曹作胜及其伙伴，是杀害德国传教士的真正“凶手”。
11月7日，正在汉口的德国驻华公使海靖照会总理衙门，告知巨野教案事，要求中央政府“急速设法保护住山东德国人性命财产”，并“暂且先望设法严惩滋事之人，为德国人伸冤”。
8日，出使德国大臣许景澄亦致电总理衙门，说报称“山东杀毙教士二人，此信若确，海使必借词要索，应否预告外部已赶紧查办，顺致措词，稍占先着”。
9日，山东巡抚李秉衡电告总理衙门：巨野发生杀教士事件，已“批饬该县勒缉凶盗，务获究办，并悬赏通饬缉拿在案”。
10日，清廷发布谕旨说：“曹州杀毙洋人一案，前据德使及许景澄先后电报，今始据李秉衡电复，已属迟延。且盗匪在逃，岂悬赏通缉所能了事？著速派司道大员驰往该处，根究起衅情形，务将凶盗拿获惩办。……现在德国方图借海口，此等事适足为借口之资，恐生他衅。”
11日，李秉衡派委臬司毓贤、兖沂道锡良驰往查办。
12日，清廷又发布上谕，指“此案以速获凶盗为第一要义”，巨野“既有盗案，匪无一获，著先将该县知县摘顶勒缉，毋任迁延”。
为迅速破案以减免责罚，巨野知县许廷瑞在境内大肆搜捕。至11月14、15两日，许廷瑞会同防营，拿获惠朝现（即惠二哑巴）等4人，毓贤命其“赶紧取赃，速拿逸犯”。不久，许廷瑞等又“续获高夷青一名”。
16日，毓贤、锡良赶到巨野，“督同营县”又“续获四犯，起获真赃八件”。官府先后捉获嫌疑民众约50人，一部分随后被释放，一部分或被严刑拷打致死，或死于传染病，剩余的惠二哑巴、雷协身、张高妮、王大脚、贾东洋、高大清、萧盛业、姜三绿、张允9人，7人被判罪。其中惠二哑巴与雷协身被斩决枭示，另外5人被判无期徒刑。
实质上，薛田资一直坚持认为政府逮捕判决的这些人，均不曾参与杀教士事件，他们是在牢房里受刑不过，被“屈打成招”的。薛认为地方官员的做法不公平，为此曾亲自面见巨野知县许廷瑞，要求“不要惩办这些无辜的人”。许廷瑞被革职后，新知县一上任，薛田资就交给他一个14人的凶手名单，指曹家庄村长曹作胜是为首的肇事者。《山东近代史资料》第三分册所载《巨野教案调查》中，开列有一个参与其事者名单，也恰是14人。他们是：曹言学、王昆仑、曹传青、曹传德、曹作胜、曹作荣、曹义忠、奚金兰、奚际春、奚际孔、奚效方、侯立、刘德润等。但奇怪的是，这些人一个也没有受到地方政府的惩罚。
另据巨野地方志的叙述，杀死两个德国传教士的，其实是刘德润、奚老五等人。刘德润是巨野县独山乡小刘庄人，生于1845年，成年后做了“义贼”头目，成为“伤官除霸，不伤黎民百姓”的仁义响马。刘德润手下有个魏培喜，入伙后恶性不改，刘促其从善，魏不从，并怀恨在心。后刘德润遣散同伙，携眷投奔郓城县南刘庄同姓本宗，买了两条大船，在济南洛口跑买卖。此时穷困潦倒的魏培喜找上门来，刘周济了他，并劝其谋正当生路。魏不悦而去，托人投靠巨野县衙当上捕快，随即密告刘是捻党头目，以经商为名招兵买马，欲反清灭洋。立时，刘成为官府要犯。陷害准备完成后，魏培喜遂面见知县许廷瑞，立下追拿刘德润的军令状，随即带领兵役乘夜捉刘。不料当时刘并不在家，魏便将其妻子和16岁的女儿捕去。随好友奚际田投奔安徽太平府暂避的刘德润，获知妻女落入虎口后，决意返回巨野救人。由于身单力薄，劫狱失败，刘继续托人援救，再次碰壁。万般无奈刘便与人商议，决定借曲阜孔府势力援救妻女。探清内情后，刘乘黑夜越脊穿房进入孔府，盗出府中一女，并在影壁留言：“不要金，不要银，只要孔府下龙文，巨野县衙去救人，救出德润刘门女，送还你的好外孙。”清时孔府威比皇室，看到孔府龙文，许廷瑞不敢怠慢，只好放了刘妻和女儿。妻女出狱后，刘并不甘休，一意实施“借刀杀人”的报复计划。他找来巨野奚阁奚效方、奚老五、奚金兰和嘉祥县于堂村曹立学等人，预备行动。11月1日夜阴落雨，二更后，十多人跳进磨盘张庄天主教堂内，摸到薛田资住室，由刘德润和奚老五砸门进屋，另两人在外接应，余者放哨警戒。不料这时室内开枪数响，两人便急闯入内，黑暗中杀死传教士能方济和韩·理加略。次日，刘德润等为躲避干系，远走高飞。奚效方回到安徽太平府，后客死江南。奚老五远走他乡不知所终，刘德润则带领全家逃到梁山隐居起来。
命案发生后，如刘德润所预料，许廷瑞果然被吓破了胆，他在自己的轿杆上锁上链子，摘去官帽，立即到磨盘张庄验尸，并派兵勇保护教堂现场。同时开始大肆捉拿疑犯，被捕者遭到严刑逼供，乡民姜怀修、姜怀行、丛爱生、丛荷生、任宪成等经不起拷打，承认参与杀人，即被判站木笼。后来姜怀行侥幸活命，维持至1928年去世。
20世纪50年代后，巨野教案被重新评价，学术界共同认为命案尽管是偶发事件，但其爆发却是天主教水土不服致地方利益和民族矛盾激化的结果，在当时条件下，如果不是有个巨野教案，也会出现其他的什么命案与事件。因为事发前两日，已有曹州府寿张县德国教堂被劫事件发生。但是，这个判断究竟距离事件真相有多远，并没有被认真考察。可怜两个在远离胶州湾的野泽地毙命的德国传教士，最终成了国家殖民地扩张的临时道具，死得不明不白。仿佛上帝交给他们的唯一使命，便是引导出死亡事件发生13天后，德国海军陆战队对胶澳青岛的武装占领。
到了这个时候，导火索磨盘张庄村和死去的能方济与韩·理加略，已经不那么重要了。随着后来磨盘张庄命案的情节不断被更改，张庄教堂也在1967年被拆除，遗址仅存有水井一眼，另存有传说是薛田资用过的椅子和睡床。没有人知道，能方济11月1日晚上是不是就死在这张床上。据新近去过张庄调查的研究者探访，当地还记得死亡传教士能方济与韩·理加略名字的，寥寥无几。而因为教堂命案无辜受到牵扯的那些乡民的命运，更是杳无音讯。教堂命案的真实面目，至今残缺不全。
威廉二世│11月14日
◎记忆地标：栈桥/中国海洋大学鱼山路校门
11月6日，德国皇帝威廉二世谕德国外交部：如果中国政府不对巨野教案以巨额赔款，并立即追缉严办凶手，舰队必须占领胶州湾并采取严重报复行动。其在给外交部的信中说：中国人终于把我们渴望已久的理由和“意外事件”提供给我们了，成百的德国商人将要欢呼德意志帝国终于在亚洲获得巩固的立足点。也就是在这一天，德皇拟就了给驻吴淞的迪特里希提督立即率领全部舰队驶往胶州的谕旨。次日深夜，这份命令拍发。
11月7日，威廉二世以胶州湾事询俄国沙皇意见，沙皇表示，对德国开进胶州湾，既不赞成也不能不赞成。然而在第二天，俄国外交部在发给北京俄使的电令中则又表示了确定的意思：反对德占领胶州湾，必要时亦派舰前往。这中间的矛盾显然暗藏着问题，只是我们不知道，这问题是否和在两年前已离任直隶总督兼北洋大臣被命入阁办事，而素与俄人有顺畅通话渠道的大学士李鸿章有没有关系。如果有关系，那么李对至11月14日前的事态，影响力有多大？
德国舰队于11月10日在海军少将迪特里希的率领下离开上海开往胶州湾。同时，威廉又命王弟海因里希亲王为极东舰队司令官，率领大队兵舰向胶州湾进发。德国人向胶州湾开来的舰队计有7676吨的二等战斗舰一艘，4400吨的二等巡洋舰两艘，另有分别为3370吨和1800吨巡洋舰各一艘。
11月13日上午，迪特里希乘旗舰“羚羊号”，率“威廉号”和“哥兰莫兰号”战舰，出现在胶州湾。
这里出现了一个问题，即当时的中国守军是否知道德舰此行的目的。国内公开出版物是这样描绘的：11月13日下午，当清军发现兵舰后，守军将领章高元即派人前去盘查，德军官谎称“来此游历”，章信以为真，并发出邀请，准备在当晚设宴请德高级军官吃饭，遭谢绝。持这一说法的有1995年版《山东通史》和1986年版《青岛海港史》，而依据则是《德国侵占胶州湾史料》和《中德外交史》。这一说法至14日的情节延续，则是清军不战而降。那么，如果章高元和他的士兵们知道德舰的目的呢？
11月14日的历史会是另外一种面目吗？
我们不知道。我们所知道的是5艘德舰和720名德海军陆战队士兵来了。此刻，正在胶州湾的海面上。
德国军人在晨雾中登陆，德国士兵登上胶州湾陆地的时间当是11月14日早晨7时至7时30分，此时正晨雾迷蒙。
此后5个小时事态的发展史迹与史著至少有三种说法：
说法一：600余名德军突然登陆，然后列队分兵出击，一部分迅速占领了清军的总兵大营背后的山头，开挖战壕，架起钢炮，炮口直指清军总兵大营；一部分将总兵大营和小泥洼营地团团包围，切断清军电线；一部分占领了前海沿的大炮台；还有一部分直奔小鲍岛的火药库。
说法二：德军720人以借地操演为名登陆，上至前沿栈桥时，竟见清军排列成队，在桥端欢迎，便立即逼住清军，下令搜索清守军所贮存的弹药，同时陆续装运大宗军火上岸。顷刻间，登桥德军便抢占山头，割断电线，挖沟架炮，直逼总兵衙门和各营房、炮垒。
说法三：德舰驶近海湾炮台，时守将提督章高元正在与部下打麻将，经查无事，便继续赌下去。至累了，有部下向外张望，这才发现德兵已满街都是。章匆忙传令整队迎击，这时才惊悉士兵的枪里没有子弹，急返军火库取弹药，则为时已晚，尽为德军占领了。
这时大约已至中午11时，此后的情形是，德军给清军送来最后通牒：限清军下午3时以前将驻兵全部退出女姑口和崂山，48小时内退清为限。这时，守将章高元已大梦初醒，以贤者状亲自与德军谈判，请求缓撤，德军坚执不允。
谈判没有结果。中午过后，章即令清军撤退至青岛山后四方村一带，慌忙中，竟将14门钢炮丢给了德军。
其实，对11月14日上午发生的事情，占领者有着清晰的记录。在1912年由青岛阿道夫-豪普特出版社出版的《德国第三海军营营史》里，作者C.胡居宁完整叙述了德军占领胶州湾的全过程和清军总兵章高元的表现。
可以断定的是，11月14日，紫禁城和大清国的行政中枢并不知道胶州湾发生了什么。
1994年版《中国近代海军史事日志》载，11月15日，谕：德国图占海口已久，此时将藉巨野一案而起，万无遽行开仗之理。惟有镇静严扎。任其恫吓，断不可先行开炮，衅自我开。
《清德宗景皇帝实录》载，11月16日，谕：敌情虽迫，朝廷决不动兵，不可轻起兵。
我们不知道这是否是一个版本，也不能确信这一电谕是15日或16日发出的。如果是，也只能证明至15日晚些时候北京才知悉胶州湾事端，而这会儿，获知的也不过是核心领导层的少数人士。因为在军机大臣兼总理各国事务衙门大臣翁同龢15日的日记里，记载着是日一派升平气象，他与礼王、钱应溥、刚毅等军机大臣一起吃过饭，而这些人皆有亲信的军机章京。此辈与总署章京皆通声气，倘有消息他们会很快地被告知。
这一天，总署的当家人张荫桓也不知情。
再看翁同龢16日的日记，情形大致就明了：晨入，看四电，德兵船入胶澳，占山头，断电线，勒我守兵三点钟撤出，四十八点钟退尽云云。即草电旨二道，李秉衡勿先开炮，一令许景澄向德外交部理论，邸意以为然。
李秉衡时任山东巡抚，王文韶是接替了李鸿章的北洋总督，既然这两个章高元的直接上级是16日才收到翁同龢的电令，那么，章是断无道理如一些史书文章所说当日就收到京城的不抵抗指令的。从胡居宁的《德国第三海军营营史》看，章高元当天根本就没机会将胶州湾的情形报告出去。
如果被淹没的事实中还有另外的真相，如果14日中午章高元的不抵抗确实依令而行，那么，这命令仅可能是来自山东巡抚李秉衡和北洋总督王文韶的。章高元没有战，给后人留下了德军不役而夺一地的慨叹。在胶州湾的11月14日，章没有成为英雄，那么，如果章违命而成了英雄，历史会是另外一副样子吗？
李鸿章在11月15日就知道了前一天的胶澳事件。但此刻，李已离开了清廷的权力中心。当天，他去了俄国驻华使馆。这是一次私下的行动，并非朝廷的派遣。李大人的目的，当然是希望俄国人依约干预。但是，李出来的时候显然依旧心事重重。
此刻，李鸿章已无力回天。
在回府的路上，李鸿章不知是否回忆起280天前的一幕：正月初八，和翁同龢在谈及德人对胶州湾企图时，两位权高一时的老人竟长泣不止。
一切，已无可挽回。