也有另外一些文人曾经做过元朝或东吴的官，坚决不做新朝官吏的。例如回族诗人丁鹤年自以家世仕元，逃避征召，晚年学佛法，到永乐时才死。[59]长乐陈亮自以为曾是元朝儒生，明初屡征不出，终身不仕。[60]山阴张宪学诗于杨维桢，仕东吴为枢密院都事，东吴亡，宪改名换姓，寄食杭州报国寺以死。[61]庐陵张昱在杨完者镇浙江时，做过左右司员外郎行枢密院判官，张士诚要他做官，辞谢不肯。朱元璋要他出来，一看太老了，说：“可闲矣。”放回去，自号为“可闲老人”。他小心怕事，绝口不谈时政，有一首诗说明他的处境：
洪武初年自日边，诏许还家老贫贱。池馆尽付当时人，惟存笔砚伴闲身。刘伶斗内葡萄酒，西子湖头杨柳春。见人斲轮只袖手，听人谈天只钳口。[62]
总之，在明初，除了一部分大地主出身的文人如刘基等人已经参加了新兴的统治集团以外，中小地主出身的文人可以分作两类：一类是倚靠新朝保护，得到了新朝统治的好处，决心和新朝合作，有官便做，甚至想尽办法钻营，要升官发财，改换门庭，光宗耀祖的。这类人占极大多数，是朱元璋统治所依靠的主要力量，各级政府官员的主要来源；另一类便是对红军抱有深刻仇恨，对新朝当然也抱着抗拒态度，不肯合作的。这一类人人数虽不甚多，但对当时的社会和政治却有相当影响。朱元璋对付这些不肯合作的封建文人，采用严峻的刑罚，特别制定一条法律：“率土之滨，莫非王臣。寰中士大夫不为君用，是自外其教者，诛其身而没其家，不为之过。”[63]寰中士大夫不为君用，办法就是杀。
一部分士大夫不肯为朱元璋所用，朱元璋便用特殊法律、监狱、死刑以至抄家灭族一套武器，强迫他们出来做官。一方面一部分人不肯合作，另一方面新朝又非强迫他们出来合作不可，这样便展开了统治阶级内部另一方面的长期流血斗争。
一部分封建文人不满意朱元璋的统治，朱元璋也痛恨这些人胆敢抗拒，用尽一切方法镇压，这种对立形势越来越显著。在斗争的过程中，朱元璋特别注意文字细节和他自己出身经历的禁忌，吹毛求疵，造成了洪武时代的文字狱。
所谓禁忌，含义是非常广泛的。例如朱元璋从小过穷苦的生活，当过和尚。和尚的特征是光头，剃掉头发，因之，不但“光”“秃”这类字对他是犯忌讳的，就连“僧”这个字也很刺眼，推而广之，连和“僧”同音的“生”字，也不喜欢了。又如他早年是红军的小兵，红军在当时元朝政府和地主官僚的口头上、文字上，是被叫作“红贼”“红寇”的，曾经在韩林儿部下打过仗的人，最恨人骂他是“贼”是“寇”，推而广之，连和“贼”字形音相像的“则”字，他看着也有气了。
对文字的许多禁忌，是朱元璋自卑心理的一面，相反的一面却表现为卖弄出身。历代开国帝王照例要拉扯古代同姓的有名人物做祖先，朱元璋的父亲、祖父都是佃农，外祖父是巫师，在封建社会里都是卑微的人物，没有什么可以夸耀的。据说，当他和文臣们商量修玉牒（家谱）的时候，原来打算拉宋朝著名的学者朱熹做祖先的。恰好一个徽州姓朱的典史来朝见，他打算拉本家，就问：“你是朱文公的后人吗？”这小官不明底细，怕撒谎闯祸，只好直说不是。他一想，区区的典史小官尚且不肯冒认别人做祖宗，而且几代以来也从没听说和徽州朱家有过瓜葛，万一硬认上，白给人做子孙倒也罢了，被识破落人笑话，如何使得？[64]只好打消了这念头，不做名儒的后代，却向他的同乡皇帝汉高祖看齐，索性强调自己是没有根基的，不是靠先人基业起家的。在口头上、文字上，一开口、一动笔，总要插进“朕本淮右布衣”，或者“江左布衣”，以及“匹夫”“起自田亩”“出身寒微”一类的话，强烈的自卑反而表现为自尊。自尊为同符汉高祖，不断地数说，卖弄他赤手空拳，没一寸土地却打出来天下，把红军大起义的功绩一古脑儿算在自己头上。这两种不同心理，看来是矛盾的，其实质却又是一致的。可是，尽管他自己这样经常卖弄，却又忌讳别人如此说，一说又以为是挖他的根基了，结果又会引起一场血案。
地方三司官和知府、知县、卫所官员，逢年过节和皇帝生日以及皇家有喜庆时所上的表笺，照例由学校教官代作，虽然都是陈词滥调，因为说的都是颂扬话，朱元璋很喜欢阅读。他原来不是小心眼儿的人，也不会挑剔文字。从渡江以后，大量收用了地主阶级的文人，替他办了不少事。建国以后，朝仪、军卫、户籍、学校等制度规程又多出于文人之手，使他越发看重文人，以为治国非用文人不可。文人得势了，百战功高的淮西集团的公侯们不服气，以为武将流血打的天下，却让这班瘟书生来当家，多少次向皇帝诉说，都不理会。公侯们商量了个主意，一天又向朱元璋告文人的状，朱元璋还是老一套，世乱用武，世治宜文，马上可以得天下，不能治天下，总之治天下是非用文人不可的。有人就说：“您说得对。不过文人也不能过于相信，否则是会上当的。一般的文人好挖苦毁谤，拿话讽刺人。例如张九四一辈子宠待文人，好第宅，高薪水，三日一小宴，五日一大宴，把文人捧上天。做了王爷后，要起一个官名，文人替他起名士诚。”朱元璋说：“好啊，这名字不错。”那人说：“不然。上大当了！《孟子》书上有：‘士，诚小人也。’这句也可以破读成：‘士诚，小人也。’骂张士诚是小人，他哪里懂得。给人叫了半辈子小人，到死还不明白，真是可怜。”[65]朱元璋听了这番话，查了《孟子》，果然有这句话。从此更加注意臣下所上表笺，只从坏处琢磨，果然许多地方都有“和尚贼盗”，都像是存心骂他的，越疑心就越像，有的成语，转弯抹角一揣摩，好像也是损他的。武将和文官争权斗争的发展，使他在和一部分不合作的地主文人对立的基础上，更增加了对一般文人运用文字动机的怀疑，用他自己的政治尺度、文化水平来读各种体裁的文字，盛怒之下，下令将写这些文字的文人，一概拿来杀了。
文字狱的著名例子，如浙江府学教授林元亮替海门卫官作《谢增俸表》，中有“作则垂宪”一句话；北平府学训导赵伯宁为都司作《贺万寿表》，中有“垂子孙而作则”一语；福州府学训导林伯璟为按察使撰《贺冬至表》的“仪则天下”；桂林府学训导蒋质为布按二使作《正旦贺表》的“建中作则”；澧州学正孟清为本府作《贺冬至表》的“圣德作则”，朱元璋把所有的“则”都念成“贼”。常州府学训导蒋镇为本府作《正旦贺表》，内有“睿性生知”，“生”字被读作“僧”；怀庆府学训导吕睿为本府作《谢赐马表》，有“遥瞻帝扉”，“帝扉”被读成“帝非”；祥符县学教谕贾翥为本县作《正旦贺表》的“取法象魏”，“取法”被读作“去发”；亳州训导林云为本州作《谢东宫赐宴笺》，有“式君父以班爵禄”一语，“式君父”被念成“失君父”，说是咒诅；尉氏县教谕许元为本府作《万寿贺表》，有“体乾法坤，藻饰太平”八字，就更严重了，“法坤”是“发髡”，“藻饰太平”是“早失太平”；德安府训导吴宪为本府作《贺立太孙表》，中有“天下有道，望拜青门”两句，“有道”说是“有盗”，“青门”当然是和尚庙了。朱元璋下令把作表笺的人一概处死。甚至陈州州学训导为本州作《贺万寿表》的“寿域千秋”，念不出花样来，还是被杀。[66]
象山县教谕蒋景高以表笺误被逮赴京师斩于市。[67]杭州府学教授徐一夔《贺表》有“光天之下，天生圣人，为世作则”。朱元璋读了大怒说：“生者僧也，骂我当过和尚。光是剃发，说我是秃子。则音近贼，骂我做过贼。”把礼部官吓得要死，求皇帝降一道表式，使臣民有所遵守。[68]洪武二十九年特命翰林院学士刘三吾、左春坊右赞善王俊华撰庆贺谢恩表式，颁布天下诸司，以后凡过庆贺谢恩，如式录进。[69]照规定表式抄录，只填官衔姓名，文人的性命才算有了保障。
文字狱的时间从洪武十七年（1384）到二十九年（1396），前后达十三年。[70]唯一幸免的文人是翰林院编修张某，此人在翰林院时说话出了毛病，被贬作山西蒲州学正。照例作庆贺表，朱元璋记得他的名字，看表文里有“天下有道”“万寿无疆”两句话，发怒说：“这老儿还骂我是强盗呢！”差人逮来当面审讯，说：“把你送法司，更有何话可说？”张某说：“只有一句话，说了再死也不迟。陛下不是说过，表文不许杜撰，都要出自经典，有根有据的话吗？‘天下有道’是孔子说的，‘万寿无疆’出自《诗经》，说臣诽谤，不过如此。”朱元璋被顶住了，无话可说，想了半天，才说：“这老儿还这般嘴强，放掉罢。”左右侍臣私下议论：“几年来才见容了这一个人！”[71]
苏州知府魏观把知府衙门修在张士诚的宫殿遗址上，犯了忌讳，被人告发。朱元璋查看新房子的《上梁文》有“龙蟠虎踞”四字，大怒，把魏观腰斩。[72]佥事陈养浩作诗：“城南有嫠妇，夜夜哭征夫。”朱元璋恨他动摇士气，取到湖广，投在水里淹死。[73]翰林院编修高启作题宫女图诗：“小犬隔花空吠影，夜深宫禁有谁来？”朱元璋以为是讽刺他的，记在心里。高启退休后住在苏州，魏观案发，朱元璋得知《上梁文》又是高启的手笔，旧恨新罪一并算，把高启腰斩。[74]有一个和尚叫来复，为讨好皇帝，作了一首谢恩诗，有“金盘苏合来殊域”和“自惭无德颂陶唐”两句，朱元璋大为生气，以为“殊”字分为“歹朱”，明明是骂我。又说“无德颂陶唐”，是说我无德，虽欲以陶唐颂我而不能，又把这乱巴结的和尚斩首。[75]