上御文华殿讲毕，问建文果出亡否？张居正曰：“国史不载。但故老相传，披缁云游，题诗于田州，有‘流落江湖四十秋’之句。”上太息，命录诗进。居正曰：“此亡国之事，不足观也。”请录《皇陵碑》及高皇《御制集》以上，见创业之艰，圣谟之盛。明日，辅臣进《皇陵碑》。上览毕，谓居正曰：“朕览碑，读之数过，不觉感伤欲泣。”居正曰：“祖宗当日艰难，盖以天心为心，故能创制显庸。皇上以圣祖之心为心，乃能永保洪业。”因述圣祖微时事及即位勤俭。上怆然曰：“朕敢不黾勉法祖，然尚赖先生辅导也。”
秋九月辛巳，刑部请录囚，慈圣太后欲停之。上问张居正，对曰：“春生秋杀，天道之常。皇帝即位以来，停刑者再矣。稂莠不除，反害嘉禾，凶恶不去，反害良民。”上为请，太后从之。
十二月壬子，张居正率大臣上御屏。屏绘天下疆域及职官姓名，用浮帖以便更换。上命设于文华殿后，时加省览。闰十二月丁亥，上御书“弼予一人，永保天命”，赐张居正。明
日，居正侍，进谏曰：“帝王之学，当务其大。自尧、舜至唐、宋贤主，皆修德行政，治世安民，不以一艺。汉成帝知音律，能吹箫度曲；梁武帝、陈后主、隋炀帝、宋徽宗皆能文，善书画，无救于乱亡。则君德之大，岂沾沾一艺哉！”他日，上日讲毕，问居正：“元夕烟火鳌山，祖制乎？”曰：“非也。成化间，以奉母后，时多谏阻。今新政宜裁。”上曰：“然。”居正曰：“明年虽礻覃，继此当大婚，又皇弟潞王出阁，诸公主厘降，所费甚烦，宜预节省。”上曰：“朕极知民穷。”居正请减元日赐赉，上大然之。上又尝语辅臣曰：“昨日禁中花盛开，侍母后赏宴甚欢。”盖指慈宁也。居正奏曰：“仁圣太后处多时寂寞，惟皇上念之。”起还宫，白慈圣，即自驾往迎仁圣过大内，赏花传觞，欢宴而罢。
三年夏五月，大学士张居正上言：“近郡县入学大滥，宜敕学臣量加裁省。并敕吏部，凡所在督学臣，非方正勿遣。”辽东告警，上深以为忧。张居正对曰：“暑月非北骑狂逞之时，
必无虑。”既而蓟辽总兵戚继光报称：“诸部解散无警。”居正因上疏论边事曰：“昨辽东抚臣张学颜报称：‘寇众二十余万谋犯辽东，前锋已抵大宁。’皇上面谕臣，臣已面奏，料其无事。今据总兵戚继光报称：‘寇久解散。’臣又使人于宣府密侦西人青把都动静，则把都在巢驻牧，未尝东行。辽东所报，皆属虚声。臣等因此，反切忧虑。夫兵家之要，必知彼已，审虚实，而后可以待敌取胜。今无端听一讹言，仓皇失措，则是彼己虚实茫然不知，其与‘风声鹤唳，草木皆兵’者何异。敌情狡诈，万一彼常以虚声恐我，使我惊惶疲于奔命，久之懈弛不备，然后卒然而至，措手不及。是在彼反得先声后实，多方以误之之策。而在我顾犯不知彼己，百战百败之道。他日边臣失事，必由于此。故臣等不以寇之不来为喜，而深以边臣不知敌情为虑也。兵部以居中调度为职，犹贵审察机宜，沈谋果断，乃能折冲樽俎，坐而制胜。今一闻奏报，便尔张皇，事已之后，又寂无语。徒使君父焦劳于上，以忧四方。岂仅以题覆公牍，谓已毕本兵之事耶！乞传谕兵部，诘以寇情虚实之由，使之知警。并请赈各边饥卒。”俱从之。
八月，张居正请增阁臣，许之。即日进吏部左侍郎张四维为礼部尚书，入东阁。故事，入阁者，止曰“同某人办事”。至是，上手注：“随元辅入阁办事。”四维恂恂若属吏矣。
十一月，张居正上《郊祀图考》，为书三册。首叙分合沿革之由，次具坛陈设，次列仪注乐章。大意遵高皇定制，岁一合祀，奉二祖并配。上褒答之。
四年春正月，御史刘台劾大学士张居正专擅威福，如逐大学士高拱，私赠成国公朱希忠王爵，引用张四维、张瀚为党，斥逐言官余懋学、傅应桢，罔上行私，横黩无厌。居正怒甚。见上辞政，曰：“臣之所处者，危地也。言者以为擅作威福，而臣之所行，正威福也。将巽顺以悦下耶？则负国。竭公以事上耶？无以逃端擅之讥。”伏地不肯起。上下御座，手掖之曰：“先生起，朕当责台以谢先生。”诏下台狱，杖之百，远戍之。时议藉藉，居正不自安，复具疏为解，免杖，夺职为民。然心终恨之，后竟置之死。
三月戊戌，上御文华殿，言及唐玄宗于勤政楼宴安禄山。上曰：“楼名勤政，而佚乐何也？”张四维曰：“玄宗开元之治有三代风，至天宝荒佚，乃致播迁。”居正曰：“无论往代，我世宗皇帝初年，西苑建无逸殿，省耕劝农。末年崇尚玄修，不复临幸，治平之业亦寝。故《大宝箴》云：‘民怀其始，未保其终。’”上嘉纳之。
五月辛酉，上视朝，张居正等请览奏章时，阅圣祖所亲批疏稿为法。上曰：“然。”居正因简内阁所藏圣祖手谕六十三道、御制四十四道、圣旨并帖共七十道上之。
秋七月丁酉，张居正上言：“致治之道，莫要于安民。安民之法，莫重于守令。守土牧民者，削下奉上以希声誉，奔走趋承以求荐，举征发期会以完簿书，苟且草率以逭罪责，其实心爱民者，未尝概见。明春外计考察，举错乃向背所系，惟以安静宜民为最。虚文矫饰，虽浮誉素隆，当列下考。”居正又请行考成法，有司以征解为殿最。于是奉行者，督责小民，不胜朴楚，相率为怨言，然赋以时起。居正上言：“近者仰赖皇上爱人节用，京、通储粟，足支八年，太仓银库，所积尚少。宜将明年漕粮量折十三，足国裕民，一举兼得。”上从之。时府库充溢，太仆寺亦积金四百余万。
冬十月丙子，进张居正左柱国太傅，仍加伯爵。敕曰：“先生亲受先朝顾命，辅朕冲年。今四海升平，实赖匡弼。精忠大勋，言不能殚。惟我祖宗列圣，佑尔子孙，与国咸休。钦哉！”居正固辞伯爵，许之。
山东抚按劾昌邑知县孙鸣凤贪贿。上怒甚，欲遣逮。张居正曰：“贪人固当尽治，但故事俱下台讯。”上曰：“然。鸣凤之婪，乃出进士乎？”居正曰：“此人惟恃进士，故尔恣肆。若乙科明经，尚有畏忌。今后用人，但问功能，不可拘资格。”上深然之。
十二月，上御文华殿，举袍示辅臣曰：“此何色也？”居正以为青。上曰：“紫也，久而色渝。”居正曰：“紫易渝。昔皇祖不尚服，御衣敝甚始易，享国长久，未必不由此。愿皇上以皇祖为法，节一衣，民间有数十人得其暖者；轻一衣，民间有数十人受其寒者，不可不念也。”时左右亦言民穷，至鬻妻子应上供。上深然之。
五年春正月庚午，上御文华殿。大学士张居正言：“殿之东堂，祀伏羲以下数圣君，皇上所当法也。法古圣，惟在省览章奏。日阅一二，讲明国事，则他年躬揽万几无难矣。”上嘉纳之。
五月戊申，谕修慈庆、慈宁南宫。张居正言：“两宫于万历二年落成，今壮丽如故，足以娱圣母。乃欲坏其已成，更加藻饰，非所急也。请辍工。”从之。
岭西罗旁平。罗旁据山海间，惊江急峡，岩壑险绝，诸瑶窟穴其中，前代不入版籍。国初，甫一定之。世宗朝，诸瑶转相寇掠，不可扑灭。督抚殷正茂既讨平惠、潮寇，上疏言罗旁当诛。廷议不能决。居正毅然言当诛，举兵部尚书凌云翼，请赐玺书，属之讨贼。云翼濒行，居正谓之曰：“虽鞭之长，不及马腹。即今两广诸瑶，虽所在都有，然乘间窃发，要当审所缓急耳。”云翼既至，部诸路兵号三十万，八道并进。克木衣山，破诸峒五百六十有四，俘斩四万二千有奇，拓地数百里，置郡县。捷闻，赐赉有差。
先是，四方多草窃，有司秘不以闻。张居正特严其禁。匿盗者，虽循吏必黜。得盗即报决。有司凛凛，盗亦衰止。闰八月丁亥，上视朝。张居正因言：“近因阴雨，朝讲暂辍。恐
中外不知，谓皇上勤学渐不如初。愿日慎一日，非有他事及风雨不得辍。”上深然之。九月，上谕停刑，盖慈圣太后以大婚期近也。居正上言：“春生
秋杀，天道所以运行；雨露霜雪，万物因之发育。明王奉若天道，刑赏予夺，皆奉天意以行事。若弃有德而不用，释有罪而不诛，则刑赏失中，惨舒异用矣。且臣近详阅所开诸犯，皆逆天悖理，其所戕害，含冤蓄愤。圣主明王不为一泄，彼以其怨恨冤苦之气郁而不散，或上蒸为妖氛之变，下或致凶荒疫疠之疾，则其为害又不止一人一家也。请俟明年吉典告成，然后概免一年。”从之。
己卯，张居正父丧讣至，上以手谕宣慰，视粥止哭，络绎道路，又与三宫赙赠甚厚，然亦无意留之。所善同年李幼孜等倡夺情之说，于是居正惑之，乃外乞守制，示意冯保，使勉留焉。冬十月，居正再上疏乞终制，不允。乃请在官守制，不造朝，许之。居正既父丧夺情，吉服视事。编修吴中行、检讨赵用贤因星变陈言。刑部员外艾穆、主事沈思孝合疏言“居正忘亲贪位”，居正大怒。时大宗伯马自强曲为营解，居正跪而以一手捻须曰：“公饶我，公饶我！”掌院学士王锡爵径造丧次，为之解。居正曰：“圣怒不可测。”锡爵曰：“即圣怒，亦为公。”语未讫，居正屈膝于地，举手索刃作刎颈状曰：“尔杀我，尔杀我。”锡爵大惊，趋出。十月二十二日，中行等四人同时受杖。中行、用贤即日驱出国门，人不敢候视。许文穆方以庶子充日讲，镌玉杯一，曰：“斑斑者何？卞生泪。英英者何？蔺生气。追追琢琢永成器。”以赠中行。镌犀杯一，曰：“文羊一角，其理沈黝。不惜剖心，宁辞碎首。黄流在中，为君子寿。”以赠用贤。穆、思孝复加镣锁，且禁狱。越三日，始佥解发戍，为更惨毒。时邹元标观政刑部，愤甚，视四人杖毕而疏上。越三日，受杖，谪戍贵州都匀卫。
罢吏部尚书张瀚。先是，瀚为南京工部尚书，廷推吏部，瀚名第三。以居正言，上越次用之。居正以为德，希瀚报。夺情议起，遂邀中旨，属瀚留居正。居正亦自牍，风之使留已。瀚若不喻其意者，谓：“政府奔丧，当以殊典之，宗伯事也，何关吏部？”居正乃令所善客说瀚。瀚不听，又不欲显居其名，乃偕三尚书密晤居正，动以微言。居正大不悦，于是有诏切责瀚，谓瀚奉谕不复，无人臣礼。是时，廷臣争惴栗，各倡保留之议。瀚拊膺太息曰：“三纲沦矣！”居正益怒，嗾台省劾之，以为耄，勒令致仕。
丙午，上戒谕群臣曰：“奸臣小人，藐朕冲年，忌惮元辅。乃借纲常之说，肆为诬论。欲使朕孤立于上，得以任意自恣。兹已薄处，如或党奸怀邪，必罪不宥。”时言夺情者得罪，都人士皆愤怒。作谤书悬长安门，谓居正且反。上闻之，故宣谕于朝，谤议稍息。己而召居正于平台，慰谕甚至，即日入直。初，居正丧次，凡阁中事，令吏赍奏就拟处分。手诏称元辅，称太师，称先生，皆尽古师臣之礼。
十一月癸丑朔，以星变考察群臣。始张居正自矫饰，虽或任情，而英敏善断，中外群誉之，居正亦自负不世出。迨刘台论居正得罪，志意渐恣。至是，益知天下不见与，思威权劫之矣。
令天下度田。国初，天下土田八百五十万顷。至后渐减，岁久滋伪。豪民有田不赋，贫民曲输为累。民穷逃亡，故额顿减。张居正请料田，凡庄田、民田、职田，荡地、牧地，皆就疆理无有隐。其挠法者，下诏切责之。
六年春正月，将举大婚，首辅张居正充纳采问名副使。给事中李涞疏言：“居正有服制，不宜与执事，乞改命。”上不允。以圣母谕谕居正，遂从吉。
三月甲寅，张居正乞归治葬，许之。辞朝，上召见于平台，劳谕之曰：“朕不能舍先生，恐重伤先生怀，是以忍而允所请。虽然，国事至重，朕将焉依！”居正奏言：“皇上大婚之后，宜撙节爱养，留心万几。”因伏地而哭。上亦为之哽咽堕泪，曰：“先生虽行，国事尚宜留心。”乃赐银印，曰“帝赉忠良”，令得密封言事。进辞两宫，各赐赆金，慰谕有加。
庚辰，辽东再奏大捷，上归功张居正，使使驰谕，俾定爵赏以闻。召趣还朝，居正以母老，俟秋上道。命锦衣归驰趣之。六月乙未，张居正还朝，上召见于文华西室。问沿途所见，稼
穑何如？民生何如？边事何如？居正对甚悉。上大悦，赐休沐十日。十二月，命纂《宗藩要例书》，颁示诸王。先是，世宗朝公族繁盛，国用困竭，以故颇知损抑。至是，居正等念诸藩裁削，非天子
亲亲意，乃略举事例未当者十一条，请敕礼官集议，著为令。诸藩于是感激亲上，而厚薄亲疏有体矣。七年二月，上患疹，慈圣太后命僧于戒坛设法度众。张居正上
言：“戒坛奉皇祖之命，禁止至今。以当时僧众数万，恐生变败俗也。今岂宜又开此端？圣躬违豫，惟告谢郊庙社稷，斯名正言顺，神人胥悦，何必开戒坛而后为福哉！”事遂寝。