大致来讲，专题注释法主要体现在以下几个层面：
（一）以经注经专题
以经注经是最权威的注释。它一般反映在，某节经文仅概括了某问题，而另一节经文则详细阐述了它，故详细阐述的经文就是对概括经文的补充和注释；明晰经文注释隐微经文，伊本·泰米叶（Ibn Taymiyah，1263-1328）就此讲道：“注释《古兰经》最正确的途径就是以经注经。某节概括经文，得到了另一节经文的详解；某节简略经文在另一处经文中得到补充。”[11]
以经注经，最早追溯至先知穆罕默德。他以经注经的例子不胜枚举，圣训学家布哈里（Al-bukhārī，810-870）在《布哈里圣训实录全集》（aīal-bukhārī）中记载，先知穆罕默德在解释经文“真主那里，有幽玄的宝藏，只有他认识那些宝藏”（6：59）中的“幽玄的宝藏”时说道：“幽玄的宝藏是5个”，遂以经文对其加以解释：“在真主那里，的确有关于复活时的知识，他常降及时雨，他知道胎儿的[性别]；而任何人都不知道自己明日将做什么事，任何人都不知道自己将死在什么地方。真主确是全知的，确是彻知的。”（31：34）换言之，先知所说的5个“幽玄的宝藏”，是指“只有真主知道复活日、何时降及时雨、胎儿性别、人明天将做什么、人将身死何方。”
先知穆罕默德生前，圣门弟子采取了他用一部分经文注释另一部分经文的做法。此后，历代注释家秉承这种方法，作为注释《古兰经》的首要源泉与方法之一。
（二）法律专题注释
早期部分法律学家和注释家，为逐步完善伊斯兰法律，以使其适应伊斯兰社会的发展，遂采取专题注释的方法，先分门别类地整理法律经文，如将涉及礼拜、天课等内容的经文分别作为一个专题，然后再对其进行详细注释，并从中创制出相关的律条，使伊斯兰法律逐步完善，始终与时俱进。《古兰经》作为伊斯兰法律的首要渊源，注释家除了狭义地注释那些直接涉及法律的经文外，还广义地注释了那些没有直接涉及法律的经文。
（三）语言专题注释
词汇作为《古兰经》文本的基本要素，注释家对它的重视程度，不逊于从任何角度研究和注释《古兰经》。可以说，解读经文词汇是解读经义的基础。从语言专题注释的时间来看，它与法律专题注释同步发展。语言学家采用语言注释的方法，先逐一解析经中所有词汇，解读各个词汇的语言规律，然后在此基础上了解《古兰经》对该词的具体运用，最后阐释各个词汇，尤其是多义词词汇在不同节文中的不同含义。
语言专题注释，从它的深度与广度来看，近似分析注释，但两者之间亦存在区别。主要体现在，专于语言专题的注释家仅从语言学角度，依照《古兰经》的章节顺序，详细地分析《古兰经》文本的基本要素——词汇，如生僻词汇与多义词汇，以及各词汇的具体运用及其词义。
（四）研究专题注释
注释家们没有将注释的角度仅仅局限在《古兰经》的法律和语言层面，而是对《古兰经》蕴涵的各个专题分别予以整理和注释，如《古兰经》中的先后停止经文、比喻经文、发誓经文等。较之法律专题和语言专题层面注释整部《古兰经》的广泛性而言，研究性注释更为具体。它不仅仅停留在单纯注释的层面上，而是在纯学术研究的范畴内，注释和研究兼而有之。
研究专题注释，既是《古兰经》注释的重要方法之一，也是时代发展和学科需要的产物。在中早时期，注释家仅从古兰学和注释学本身发展的角度，研究性地注释《古兰经》的相关专题。近现代以来，穆斯林世界为了使伊斯兰教适应社会、经济、科技、文化等方面的时代发展，对相关经文作了划时代的阐释，如《古兰经》中的人类同源、男女平等、伦理道德、文化多元、政治经济，以及《古兰经》中的化学、数学、天文、医学、地理，等等。可以说，无论社会如何发展，时代如何变化，科技如何更新，注释家们都能从经文中找到根本答案，加以研究和注释。
注释学界在归类专题注释方法后，又进一步细化了专题注释的方法，并大致归纳为三种。可以说，这是对专题注释法的方法再归类，即如何对专题性经文进行归类和注释。
1.归类整部经文中的同一词汇
注释家首先锁定经文中的某一个词汇，再集中整理该词汇及其派生词出现其中的所有经文，然后再注释它，揭示它的意义，探究它的具体用法。
就词汇的归类方法及解读的视角来看，这似乎属于上文论及的语言性注释范畴。事实上，两者之间具有显著区别，语言性注释仅限于界定每节经文中每个词汇的意义，不涉及该词在整部经文中的内在联系，因而它是纯语言学意义上的注释。而这种归类方法更为细化，跨越了语言学的注释范畴，注释家既要研究该词汇在不同章节语境中的意义及其内在联系，也要通过这种方法进一步彰显它在《古兰经》修辞奥妙方面的哲理，探究它的微言大义。
以“Al-khayr”一词为例，著名学者达姆加尼（Al-dāmghān）在《探究多义词》（’isrāal-wujuh wal naā’ir）中，阐释了该词在不同章节中的8种意义：
（1）“Al-khayr”意为“财产”，如在经文“你们当中，若有人在临死的时候，还有遗产，那么，应当为双亲和至亲而秉公遗嘱”（2：180）中。
（2）“Al-khayr”意为“信仰”，如在经文“假若真主知道他们心中还有一点儿善意，必使他们能听”（8：23）中。
（3）“Al-khayr”意为“伊斯兰教”，如经文“不信道者——信奉天经的和以物配主的——都不愿有任何福利从你们的主降于你们”（2：105）中的福利，即为伊斯兰教。
（4）“Al-khayr”意为“最”，如在经文“你说：‘我的主啊！求你饶恕，求你怜悯，你是最怜悯的’”（23：118）中。
（5）“Al-khayr”意为“健康”，如在经文“如果真主使你遭受灾难，那么，除他外绝无能解除的。如果他使你享受福利，（那么，任何人不能干涉他），因为他对于万事是全能的”（6：17）中。译文中的福利，即为“健康”。
（6）“Al-khayr”意为“报酬”，如在经文“我为你们以骆驼为真主的标志，它们对于你们有许多用处”（22：36）中。
（7）“Al-khayr”意为“食物”，如在经文“他说：‘我的主啊！我确需求你所降给我的任何福利的’”（28：24）中。译文中的福利，即为“食物”。
（8）“Al-khayr”意为“战争中的胜利”，如在经文“真主使不信道者未能获胜，忿忿而归”（33：25）中。[12]
2.归类多章经文中的同一内容
注释家首先锁定某一专题，再整理和归类涉及该专题的所有经文，然后进行分析、探讨和注释。注释家通过研究同一内容的各种要素，围绕《古兰经》表述内容的风格，以章节形式阐释该专题的主旨，并引证经训，探究该专题与人类现实问题的内在联系，最终找出解决问题的方案。此外，注释家在归类同一专题的经文时，一般只关注专题内容的要旨，而不涉及诸如诵读学、修辞学、句法学等领域，除非在必须借助这些知识来解读经文的情况下，才对这些知识进行相对的注释。
归类多章经文中的同一内容，是专题注释法中的常见形式，因此古今专题注释文献也就层出不穷。伊斯兰中早期，专题注释文献主要围绕《古兰经》中的奥妙、先后停止经文、法律、比喻、故事、辩论、修辞、发誓等专题内容。近现代以来，注释家将专题注释的领域没有局限于《古兰经》本身以及伊斯兰宗教文化层面，而是扩大了注释范围——或注释经中论及的人类赖以生存的宇宙、天体、地球、星辰、海洋、山脉、植物、动物等专题；或注释经文论及人的形成，以及人的情感、心理、精神、灵魂、理智、伦理、道德、人性的高尚与卑贱等专题；或注释经文谈及的人的社会生活，诸如在部落、民族、国家中的家庭关系与社会关系、经济与政治关系、战争与和平的制度等专题；或注释经中关系到历史学、教育学、哲学、教义学等专题，从而使《古兰经》的时代性、普世性、现实性、指导性始终得到展现。[13]
3.归纳一章经文中的同一内容
注释家运用这种归类方法，首先界定各章的主要宗旨，接着研究该章的降示背景，然后根据该章所属的麦加章或麦地那章属性，研究和注释该章经文的风格，以及上下文关系。最后，根据该章具有的独立属性，以及贯穿该章专题的枢纽，进一步揭示其总体要义。例如，凡是麦加章，主要是以详解形式阐述伊斯兰信仰的三大基础即真主独一、使者使命、末日复活，那么，研究者和注释者在任何麦加章中，都能找到这三个专题之一，并对其作全面解读。
归纳单章主旨要义的方法，中早期的注释家没有给予足够重视，通常只是概而言之各章的部分主旨，尤其是篇幅短章的主要宗旨。同样，注释家仅仅关注部分章中部分节文的内在联系，忽略了各章整体上的要旨大义，如法赫鲁丁·拉齐在《幽玄之钥》中的做法。
近现代以来，开归纳各章专题要义先河的是注释家赛义德·库特卜（Sayyid Qutub，1906-1966）。他在注释每一章之前，先给各章写一个导读，阐明各章的主旨要义、有别于其他章的特性、经文的叙述风格。他的注释典籍《在古兰经的阴荫下》（Fi ilāl al-Qur’ān），被注释学界视为注释各章专题要义的范式。[14]
[1]法赫德·鲁米：《古兰经注释原理及注释方法研究》，利雅德塔伊布出版社2004年版，第57页。
[2]穆萨伊德·坦雅尔：《古兰学及古兰经注释原理论集》，利雅得穆罕底斯出版社2005年版，第239页。
[3]法赫德·鲁米：《古兰经注释原理及注释方法研究》，利雅德塔伊布出版社2004年版，第57页。
[4]法赫德·鲁米：《古兰经注释原理及注释方法研究》，利雅德塔伊布出版社2004年版，第58页。
[5]同上书，第59页。
[6]法赫德·鲁米：《古兰经注释原理及注释方法研究》，利雅德塔伊布出版社2004年版，第60页。
[7]同上。
[8]法赫德·鲁米：《古兰经注释原理及注释方法研究》，利雅德塔伊布出版社2004年版，第62页。
[9]穆斯塔法·穆斯林：《古兰经专题注释研究》，叙利亚笔社2005年版，第17页。
[10]同上书，第16页。
[11]穆斯塔法·穆斯林：《古兰经专题注释研究》，叙利亚笔社2005年版，第18页。
[12]法赫德·鲁米：《古兰经注释原理及注释方法研究》，利雅德塔伊布出版社2004年版，第67页。
[13]法赫德·鲁米：《古兰经注释原理及注释方法研究》，利雅德塔伊布出版社2004年版，第68页。
[14]法赫德·鲁米：《古兰经注释原理及注释方法研究》，利雅德塔伊布出版社2004年版，第69页。