在封建社会，君权至高无上，神圣不可侵犯。其实也不尽然，中国历史上君权与相权之争曾长期是庙堂争斗的焦点。权力欲极强的朱元璋断然采取措施，废除了丞相制度，却由此也开启了明朝政治腐败之门。
洪武十三年（1380年），明太祖朱元璋以“擅权枉法”的罪名，诛杀了丞相胡惟庸。随后，他又取消中书省，废除了丞相一职。并且在《祖训》中规定：
自古三公论道，六卿分职，并不曾设立丞相。秦朝设置丞相，不旋踵而亡。隋、唐、宋各朝因袭此制，其间虽然不乏贤相，但也多有专权乱政的小人。现在我朝罢除丞相，设立五府六部，彼此相互制约和抗衡，而诸事皆由朝廷总揽。后代子孙做皇帝，都不许再行设立丞相。臣下胆敢奏请设立的，群臣即时劾奏，将犯人凌迟，全家处死。
废除丞相，不仅是有明一代的大事，也是中国政治制度史上一个划时代的重大事件。它表明——中围封建社会中君权与相权之间长期的矛盾斗争，至此告一个段落；秦汉以来的宰相制度从此废止，皇帝的权力更大了，君主专制的中央集权制度。从此发展到了一个崭新的阶段。此后，明代以内阁制度取代历朝的丞相制度，事实上反映了我国封建社会后期皇权的高度强化。
从历史上看，自秦始皇统一中国、建立君主专制中央集权的政治制度以后，地方集权于中央，中央集权于皇帝。身居“一人之下，万人之上”的丞相（宰相），历来是辅弼皇帝处理全国政务的最高行政长官。然而，在漫长的历史时期，由于权力分配上的不均。皇权与相权之间始终互为消长，不断发生冲突。这种矛盾、斗争的结果，一方面表现为宰相的“专权”甚至于“篡位改朝”。譬如，霍光、曹操、司马氏父子和桓温等人，就是以相权压倒帝权的典型人物。另一方面，历代有所作为的君主，无不采取措施限制相权的膨胀。伊尹放太甲，成王疑周公，便是极早的例证。自此以后，君、相之间的斗争就始终没有停止过。到明代，作为一代雄猜之主的朱元璋，深感丞相的权力对他的帝业终究是个威胁，于是干脆废除了丞相一职，实际上是以皇帝兼行宰相的职权，成为中国历史上权力最大的君主之一。
在丞相制度废除之前，六部从属于中书省，此后则直接听命于皇帝，并向皇帝负责。明太祖将此前丞相的职权作了重新的划分、定制、决策诸大权，收归他本人亲自掌管；实际政务则通过提高六部尚书的职权，交由六部分担。明太祖将中枢机构概括为：“六卿分职，朝廷（皇帝）总揽。”然而，这种划分也随即产生了一个新的矛盾——废除丞相虽然使得朱元璋一人大权独揽，满足了他个人强烈的权力欲，但此后六部处理的政务，事无巨细，最后全都汇总到他的手里。有人做过一个统计，废相之后，以洪武十七年（1384年）九月十四日到二十一日为例，8日之间，内外诸司奏札共1660份，合计3291桩事。换言之，朱元璋每天平均要看200个报告，处理400多件事情。如此繁多的政务，使得朱元璋即便是精力过人，事必躬亲，也仍然会因应接不暇而心力交瘁。尤其是定制、拟旨、批示等都要笔之于书，写成文件，此类的文书工作，更非一人所能操持应付。故而朱元璋也不得不承认：“朕尝思之，人主以一身缔御天下不可无辅臣。”
为了解决这一新的难题，洪武十三年（1380年）九月和十五年（1382年）十一月，独裁勤政的朱元璋先后设置了“四辅官”和“殿阁大学士”，让他们襄助侍从，以备顾问，并协助自己批阅奏章，处理政务。一般认为，殿阁大学士的设立，标志着明代内阁制度的萌发。内阁制度的萌发绝不是偶然的，它是朱元璋大权独揽而又无法不任用辅臣的结果。
明成祖朱棣即位后，为了进一步强化君主专制统治的职能，又挑选了一批翰林入值文渊阁参掌机务。因文渊阁在午门之内的内廷，遂有“内阁”之称。当时，朱棣也是自操威权，而让儒臣侍奉左右出谋划策，以备顾问。
然而，朱棣虽然信用阁臣，但因后者的品秩不高，故而在处理朝政时仍然多有掣肘。有鉴于此，随后的仁、宣时期，就不断提升阁臣的官阶，从而使得内阁权限发展到了一个新的阶段。原先只有五品衔的内阁学士，此时却跻身于公侯尚书之列，内阁势力也因此超过了六部的权力。对此，《明史·七卿年表序》说：
明太祖十三年罢丞相，政归六部，（六）部权重也。洪、宣以后，阁体既尊，而权亦渐重，于是（内）阁、（六）部相持。
于是，内阁便从最初的文学侍从机构，逐渐演化成凌驾于府部院寺之上的中枢机关。特别是宣德年间，内阁开始“票拟”。所谓票拟，是指阁臣将处理政事的初步意见拟具成文、奏呈皇帝的工作，这实际上就是掌握了代替皇帝起草批文意见的职权，等于直接参与了国家政事的处理。于是，内阁的权位得以迅速地提高。后人将明代内阁之职比做古之丞相，主要原因就是阁臣主持票拟的缘故。在宣宗朝，由于皇帝的信任，阁臣“三杨”（杨士奇、杨荣、杨溥）所草拟的意见，绝大多数都能很快变成在全国必须遵照的谕旨，当时内阁的票拟制度，有效地加强了中央集权，提高了明王朝国家机器的效能。
随着内阁权势的提高和阁臣品位的尊崇，阁体内部也发生了变化。内阁大学士多时达六七人，最少也有二三人。仁、宣年间，内阁权力集中在“三杨”手中，其他阁臣的权力不能与之相提并论，明中叶后形成的“首辅”制度。实际上在此时已初见端倪。后来，在主持票拟及处理其他政务时，往往根据阁臣入阁的先后、资历的深浅以及皇帝的旨意等，在阁臣中挑选一人担任内阁首领——首辅，首辅之下为“次辅”或“次揆”，其余的大学士作为他的助手，号称“群辅”，权力远较首辅要小得多。
此时的首辅品位尊崇，与皇帝是近水楼台，权大势重，恍若汉唐时代的宰辅，所以内阁首辅号称“无宰相之名，有宰相之实”。不过，虽然后来在入值阁臣中也曾出现过权力很大、与历代丞相颇为相似的内阁首辅，但明代的内阁制度与先前的丞相制度，毕竟仍有着本质的区别：首先，丞相具有裁决机宜的执行权，遇事可以上奏执行，甚至可以先斩后奏；而内阁辅臣却没有汉唐宰相的实权，事无巨细都要禀承皇帝的旨意，请旨定夺，一切都断自宸衷，遵照他的意见拟具出办法，等被批准之后，才能据以拟旨颁行。换言之，内阁对于朝政国事，并无独立裁决的法权，而是奉诏办事，其职掌实际上并没有超出翰林的职责以外，也从未改变其“侍从左右，以备顾问”的身份。从本质上看，明代的阁臣，事实上还是文学侍从之臣，做着翰林分内应做的事情。丞相拥有法定的权力，而阁臣包括首辅在内，只备皇帝“顾问”，其权力的大小，完全取决于皇帝对他们眷顾的程度。故而明代阁权之轻重大小一直处于飘忽不定之中。其次，在历代中央集权制度下，“统理政务，统率百僚”的丞相是法定的最高行政长官，有自己的相府以及诸多僚属。在明初，丞相府称为中书省，省中有左丞、右丞和参知政事等属官，六部为其直接的下属机构。而内阁则不同，它不是法定的最高行政机构。首辅亦非法定的最高行政长官，六部更不是它法定的直接下属，阁臣的品秩有的甚至比各部尚书还要低。再次，先前的宰相身处一人之下、万人之上，总得位极人臣者方能跻身相位；但阁臣却不一定，起初各类学士的品秩才区区五品，甚至更低。嗣后阁臣体制虽然渐趋尊崇，入阁者往往先是任命为礼部侍郎或尚书，再以兼任××大学士而入预机务，但入阁者品秩不拘这一特点却与明代相始终。此外，丞相历来有着定员定制，而阁臣则无定数。丞相通常是左相、右相各一人，最多时也不过再加上一两个；而阁臣则不然，在明代中后期，其人数少则四五个，多时七八人，最多时竟达十数名。内阁始终不是中央一级正式的行政机构，与六部并没有任何的隶属关系，内阁大学士兼尚书只是虚衔，不许实际掌管六部的事务，内阁并无对部臣发号施令之权，更无直接任免官吏的权限。
从上述丞相制度与内阁制度的比较上来看，内阁显然只是皇帝加强专制独裁的工具，它是明朝统治者惟恐皇权旁落并试图解决皇权与相权矛盾的有力措施。明代以内阁制度取代先前的丞相制度，反映了中国封建社会晚期皇权的高度强化。说穿了，明太祖废除丞相制，是想彻底剪除相权的威胁，挑选一些既能办事、又少实权的“宫奴”，辅佐他统治整个大明帝国。这种内阁制度，为其后代子孙谨遵勿替，对于有明一代的政治制度产生了深刻的影响。